Geum.ru

Тезисы докладов

Вид материалаТезисы

Содержание


Картриджи-микрочипы для метода молекулярных колоний
Функциональный анализ полиморфных инсерций alu-ретроэлементов при остром лимфобластном лейкозе
Подобный материал:
1   ...   19   20   21   22   23   24   25   26   ...   96

КАРТРИДЖИ-МИКРОЧИПЫ ДЛЯ МЕТОДА МОЛЕКУЛЯРНЫХ КОЛОНИЙ

В.Е.Курочкин1), О.С.Антонова1), А.Л.Буляница1), Т.А.Лукашенко1), Г.Е.Рудницкая1), А.Н.Тупик1), А.И.Цымбалов1), А.А.Евстрапов1), А.Б.Четверин2), Е.В.Четверина2), А.А.Гордеев2), И.В.Маринкина2), Я.И.Алексеев3), Ю.С.Аляпкина3), Д.А.Варламов3), Д.Г.Сочивко3)



1) Институт аналитического приборостроения РАН, Санкт-Петер-бург; 2) Институт белка РАН, Пущино; 3) ЗАО «СИНТОЛ», Москва


Метод молекулярных колоний (ММК), разработанный россий-скими учеными (Институт белка РАН, чл-корр. А.Б.Четверин), способен радикально усовершенствовать количественную молеку-лярную диагностику таких социально значимых заболеваний, как вирусные и бактериальные инфекции (в том числе туберкулез), онкологические заболевания. В рамках проекта создана необходи-мая основа приборного обеспечения для ММК: разработана конструкция картриджа-микрочипа (КМЧ), изготовлена экспери-ментальная и опытная партии КМЧ, проведены лабораторные испытания полученных изделий, создан макет скоростного устрой-ства термоциклирования (термоциклера) для КМЧ. Новая топология стеклянной пластины для КМЧ содержит четыре реакционных кА-меры для проб объемом 30 мкл, в каждой из которых находится полиакриламидный гель. Исследуемая проба с реагентами вводится в реактор с помощью дозатора, внешние каналы КМЧ гермети-зируются, и устройство помещается в термоциклер, в котором осуществляется амплификация пробы. Для КМЧ разработан и изготовлен макетный образец скоростного термоциклера.

Изготовлена партия опытных образцов КМЧ (40 штук). Продемонстрирована их пригодность для реализации ММК при определении возбудителя туберкулеза Mycobacterium tuberculosis в мокроте человека и присутствия в крови человека мРНК AML1-ETO – маркера острого миелоидного лейкоза. Молекулярные колонии обнаруживали по наличию флуоресценции, генерируемой в результате переноса энергии между двумя зондами, которые гибридизируются с размноженной в результате проведения полимеразной цепной реакции в геле ДНК-мишенью. Испытания осуществлялись на базе Института белка РАН (лаб. член-корр. А.Б.Четверина). В исследованиях были использованы наборы реагентов, производимые ЗАО «СИНТОЛ», Москва. Эксперименты показали, что для надежного и достоверного обнаружения возбудителя туберкулеза методом молекулярных колоний необходима доработка и оптимизация наборов зондов для специфичного проведения ПЦР.

Дальнейшим развитием этого направления молекулярной диагностики, связанным с совершенствованием приборного обеспечения, может явиться создание более дешевых и доступных КМЧ из оптически прозрачных полимерных материалов, разработка отечественных моделей флуоресцентных сканеров и скоростных устройств термоциклирования для КМЧ.

ФУНКЦИОНАЛЬНЫЙ АНАЛИЗ ПОЛИМОРФНЫХ ИНСЕРЦИЙ ALU-РЕТРОЭЛЕМЕНТОВ ПРИ ОСТРОМ ЛИМФОБЛАСТНОМ ЛЕЙКОЗЕ

Ю.Б.Лебедев 1), А.Ю.Комков 1,2), М.А.Масчан 3), А.А.Курносов1), И.З.Мамедов 1)



1) Учреждение Российской академии наук Институт биоорганической химии имени академиков М.М.Шемякина и Ю.А.Овчинникова РАН, Москва

2)Московская государственная академия тонкой химической технологии им. М. В.Ломоносова, Москва

3) Российская детская клиническая больница, Москва


Одной из актуальных задач современной функциональной геномики, определяющей темпы развития персонифицированной медицины, является изучение индивидуальной вариабельности генома человека при различных патологических состояниях организма. Острые лейкозы объединяют группу неопластических заболеваний гематопоэтической системы, имеющих клональную природу. Субстрат опухоли представлен потомками одной активно пролиферирующей перерожденной бластной клетки кроветворной системы, утратившей способность к дальнейшей дифференцировке. Для получения преимущества в пролиферации опухолевый клон должен накопить ряд генетических изменений, затрагивающих гены системы регуляции клеточного деления и дифференцировки. Вместе с тем спектры характеристических нарушений генома и транскриптома могут значительно различаться для разных типов опухолевых заболеваний. Первые результаты сравнительного анализа транскриптомов опухолей и прилежащих здоровых тканей, публикуемые нами и многими другими исследовательскими группами, подтверждают гипотезу о существенной роли активируемых копий мобильных элементов, в первую очередь видоспецифических групп AluY, L1Hs и LTR повторов, в формировании как структурных изменений генома, так и функциональных особенностей транскриптома малигнизированных клеток организма. В настоящей работе проведен функциональный анализ 31 полиморфной инсерции Alu-ретроэлементов, ранее идентифицированных нами в интронных областях генов человека, кодирующих регуляторные белки проведения сигналов дифференцировки и пролиферации клеток. Основным объектом исследований стали образцы одноядерных клеток крови и пунктатов костного мозга, полученные от пациентов с острым лимфобластным лейкозом (ОЛЛ) и контрольной выборки здоровых доноров центрального региона России. По результатам проведенного сравнительного анализа показано аллель-специфичное снижение содержания первичных транскриптов генов для 21 интронной инсерции Alu-элементов. Сильно выраженным ингибиторным эффектом на транскрипцию аллеля в одноядерных клетках крови здоровых доноров и В-лимфобластов от пациентов с ОЛЛ обладают 10 инсерций. Частоты встречаемости аллелей, несущих две из таких инсерций в гене MEF2C и одну в гене TAX1BP1, значимо различаются в выборках здоровых доноров и доноров с ОЛЛ. На примере гена TARBP1 показано влияние интронной инсерции Alu на уровень зрелой мРНК в клетке. В результате проведенных исследований нами разработан первый вариант набора функциональных молекулярно-генетических маркеров (фМГМ), предназначаемый для ранней диагностики и прогноза риска развития онкологических заболеваний крови.