Расчет квантово-химических параметров ФАВ и определение зависимости "структура-активность" на примере сульфаниламидов
Дипломная работа - Химия
Другие дипломы по предмету Химия
?е АО. Наиболее точно распределение электронной плотности в атомах можно передать с помощью слейтеровских АО, то есть функций типа exp(-?r), rexp(-?r), xexp(-?r), yexp(-?r). Однако со слейтеровскими орбиталями очень трудно вычислить интегралы, которые входят в фокиан для молекул. Поэтому в качестве базисных АО обычно берут гауссовы функции:
для s орбиталей: exp(-?r2);
для р орбиталей: xexp(-?r2), yexp(-?r2), zexp(-?r2);
для d орбиталей: x2exp(-?r2), y2exp(-?r2), z2exp(-?r2), xyexp(-?r2), xzexp(-?r2), yzexp(-?r2). [6, 7, 8].
Это так называемые примитивные гауссовые функции. С ними относительно легко вычислять матричные элементы, но, когда их мало, они плохо воспроизводят распределение электронной плотности в атомах и молекулах. В связи с этим гауссовых орбиталей приходится брать намного больше, чем слетеровских. Обычно используют так называемые сгруппированные базисы, в которых каждая базисная орбиталь представляет собой линейную комбинацию из нескольких примитивных гауссовых функций.
Для изучения реакционной способности и строения органических соединений наиболее широко используются базисы, предложенные Поплом и сотрудниками: минимальный базис ОСТ-3ГФ, валентно - расщепленные базисы 3-12ГФ, 4-31ГФ, 6-31 ГФ, валентно - расщепленные базисы с поляризационными орбиталями 6-31ГФ* и 6-31ГФ**, валентно - расщепленные базисы с диффузными s и р орбиталями 3-21+ГФ и 4-31+ГФ.
1.1.2 Метод Хартри - Фока
В основе современной квантовой химии лежит уравнение Шредингера для стационарных состояний. Его обычно решают в адиабатическом приближении, то есть в предположении, что ядерную и электронную волновые функции можно разделить и решать уравнения для движения ядер и электронов раздельно. В этом приближении уравнение Шредингера для электронной волновой функции записывается следующим образом:
, где
H- гамильтониан системы, т.е. сумма операторов кинетической и потенциальной энергий,
= (x1, x2тАжxn)- волновая функция для системы из n частиц, которая зависит от их расположения в пространстве и спинов,
Е- полная электронная энергия.
Однако точно решить это уравнение удается лишь в случае одноэлектронных систем. Поэтому в квантовохимических расчетах используются приближенные методы. Среди них в 80- х годах наиболее широкое распространение получил метод Хартри - Фока, или метод самосогласованного поля (ССП). В этом методе полагается, что каждый электрон движется в поле атомных ядер, положение которых фиксировано в пространстве, и в эффективном (усредненном) поле других электронов.
Основной недостаток метода Хартри Фока - вероятность найти электрон в некоторой точке пространства не зависит от местонахождения других электронов, распределение в пространстве которых задано одноэлектронными волновыми функциями. В результате двум электронам с одинаковыми спинами не запрещено занимать одну и ту же точку пространства. В действительности электроны с одинаковыми спинами стремятся избежать находится не только в одной точке пространства, но даже близко друг от друга. Пренебрежение этим эффектом, который принято называть электронной корреляцией, приводит к существенному завышению энергии взаимодействия электронов и, как следствие, завышению полной энергии молекулы.
1.1.3 Метод Хэнча
Основное содержание метода эмпирическая модель биологической активности, основанная на линейной зависимости свободной энергии исследуемого процесса от физико - химических параметров соединения, рассматриваемых как независимые переменные. Поэтому метод Ханша также широко известен под наименованием соотношения линейности свободной энергии. Метод основан на предположении о существовании корреляции между факторами, определяющими биологическую активность, и физико-химическими параметрами веществ в гомологических рядах химических соединений. Кроме того, оказывается, что все физико-химические факторы, связанные с транспортными свойствами и взаимодействиями активного центра, слагаются из трех составляющих гидрофобной, электронной и стерической. Вклад каждой из этих составляющих характеризуется с помощью соответствующих констант заместителя, описывающих различие в свойствах между первым членом гомологического ряда и рассматриваемым соединением. Гидрофобность соединения описывается логарифмом коэффициента распределения соединения между водой и фазой, моделирующей липид, обычно нормальным октиловым спиртом.
В 1964 г. Ханш и Фуджита [10] путем сочетания двух гипотез с уравнением Гаммета [11] вывели соотношение, нашедшее наиболее широкое применение в исследованиях связи между структурой и активностью. Они постулировали, что скорость биологического отклика (БО) является произведением трех множителей. В их число входят: А вероятность того, что биологически активная молекула достигнет в течение заданного интервала времени рецептора, С молярная концентрация биологически активного вещества и КХ скорость реакции биологически активного соединения с рецептором. Произведение параметров А и С получило наименование эффективной концентрации и представляет собой концентрацию вещества в зоне, прилегающей к рецептору.
Некоторые другие параметры
В исследованиях, связанных с соотношением линейности свободной энергии, был применен целый ряд других физико - химических параметров. Многие из этих параметров непосредственно дают информацию о молекулярной структуре соединения. К ним относятся, например, молекулярный вес и количество атомов определенного вида. В ряде исследов