Расчет квантово-химических параметров ФАВ и определение зависимости "структура-активность" на примере сульфаниламидов
Дипломная работа - Химия
Другие дипломы по предмету Химия
В°нтагонист ПАБК), которая оценена на уровне 0,860 0,9, что является очень высоким показателем. Как показано в приложениях В Ж, имеет смысл провести дополнительные доклинические испытания на пример использования их в качестве антиэпилептического назначения.
СПИСОК ИСПОЛЬЗУЕМЫХ ИСТОЧНИКОВ
1 Prous J. Drugs Years News[Text] / Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1995. P 345
2 Djons A. Talidomid as anxiolitic [Text] / Brit. J. Pharmacol., 1960, 15, p.111-116
3 Am. J. Public Health, 1965, 55, p.703-707
4Sridhar B., Ravikumar K. Some interesting properties of talidomid [Text] / Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1994, Apr 26; 91 (9):4082-5
5 Clin. Immunol. Immunopathol. 1996, 81, p.219-223
6 Иванов А.С., Арчаков А.И. Интегральная платформа От гена до прототипа лекарства in silico и in vivo [Текст] / Иванов А.С. Арачаков А.И. // Российский химический журнал М.: Наука №2, 2006. с. 18-35
7 Жидомиров Г.М., Багатурьянц А.А. Прикладная квантовая химия.-М.: Химия, 1979.-295 с.
8 Бурштейн К.Я., Шорыгин П.П. Квантово- химические расчеты в органической химии и молекулярной спектроскопии.- М.: Наука, 1989.-310 с.
9 Кузнецов П.Е., Люлин Ю.Н., Щербаков А.А. Методы математического моделирования в приложении к проблеме биофизической химии. ДСП, 1985.-250 с.
10 Hansch C, Fujita Т., р-ст-л Analysis. A Method for the Correlation of Biological Activity and Chemical Structure, J. Am. Chem. Soc, 86, 1616 (1964).
11 Hammett L. P., Physical Organic Chemistry, McGraw-Hill, New York, 1940.
12 Cramer R. D., Quantitative Drug Design, in: Annual Reports in Medicinal Chemistry, Vol. 11, F. H. Clarke (Ed.), Academic, New York, 1976.
13 Silipo C, Hansch C, Correlation Analysis. Its Application to the Structure -Activity Relationship of Triazines Inhibiting Dihydrofolate Reductase, J. Am.Chem. Soc, 97, 6849 (1975).
14 Dixon W. J. (Ed.), BMD - Biomedical Computer Programs, 3rd ed., Universityof California Press, Berkeley, CA, 1973.
15 Furnival G. M., Wilson R. W., Jr., Regressions by Leaps and Bounds, Tech-nometrics, 16, 499 (1974).
16 Стьюпер Э., Брюггер У. Машинный анализ связи химической структуры и биологической активности. Пер. с англ. М.: Мир, 1982.235 с, ил.
17 Сборник программ расчета спектральных и квантовохимических параметров молекул. ДСП, 1983.-53 с.
18 Hartigan G. H., Clustering Algorithms, Wiley, New York, 1975.
19 Ball G. H., Hall J. P., ISODATA: A Novel Method of Data Analysis and Pattern Classification, NTIS Report AD699616, 1965.
20 Ball G. H., Hall J. P., ISODATA, An Iterative Method of Multivariate Analysis and Pattern Classification, Proceedings of the IFIPS Congress, 1965.
21 По материалам сайта ChemNet
22 Shroder S., Thiel W. //Ibid. Vol. 108, N 25. P. 7985 - 7989
23 Dewar M.J.S., Ford G.P. // J. Amer. Soc. 1977. Vol. 99, N6. P. 1685-1691
24 Вартанян Р.С. Синтез основных лекарственных средств. М. Медицинское информационное агентство, 2004. 845 с.
Приложение А
Таблица А.1 - Абсолютные ошибки, которые получаются при расчете длин валентных связей и значений валентных углов неэмпирическими методами.
Неэмпирический расчет в базисеОшибкиДлины валентных связей, нмВалентные углы, градОСТ-3ГФ0,002-0,0033-4Валентно - расщепленные базисы, безэкспоненциальные базисы, расширенные базисы без поляризационных орбиталей0,001Сильное завышение валентных углов у молекул типа Н2О, NНВалентно - расщепленные и безэкспоненциальные базисы с поляризационными орбиталями0,00111-2Хартри- Фоковский предел0,0051-2Большие базисы с учетом электронной корреляцииОчень хорошее согласие с экспериментомПримечание 1 - вычисленные значения обычно меньше экспериментальных величин
Таблица А.2 - Абсолютные значения ошибок при расчете длин валентных связей и валентных углов методами МПДП и МЧПДП/3
Геометрический параметрКоличество расчетовАбсолютная ошибкаМПДПМЧПДП/3Валентная связь, нмВсе тины связей2280,00140,0022С-Н560,00090,0019С-С960,00120,0016N-H90,00060,0019N-C170,00100,0029N-N90,00320,0074O-H70,00110,0010O-C220,00160,0025O-N80,00260,0026O-O30,01170,0043Валентный угол, градВсе типы углов912,85,6Углы при С622,04,4Углы при N153,27,1Углы при О98,510,7Углы между плоскостями в бициклических соединениях51,65,9
Таблица А.3 - Потенциалы ионизации, эВ
СоединениеМПДПЭкспериментОтнесение1СоединениеМПДПЭкспериментОтнесение1Метан13,914,01t2Аммиак11,210,92a130,622,91a216,716,01eЭтан12,71eg32,927,01a113,312,12a1gЦитанистый
Водород13,413,61?15,115,01eu14,314,0324,820,41a2u21,620,02?Этилен
Этилен10,210,51b1uАзот
Азот14,915,62?g12,612,81b1g16,217,01?u14,614,72ag21,118,81?u15,815,91b2uВода12,212,61b114,514,72a1Ацетилен11,011,41? u19,119,11b215,916,42?g40,032,21a121,018,71?uДиоксид
Углерода12,813,81? gБензол9,49,21e1g17,717,61? u12,511,52e2g17,818,12?u12,612,31a2g21,219,42?g14,413,82e1uФормаль
дегид11,010,92b215,214,71b2u14,214,41b116,815,41b1u16,316,02a117,516,92a1u16,916,81b2Примечание 1 - отнесение, сделанное на основе данных метода МПДП, для большинства всех перечисленных в таблице соединений совпадает с общепринятым
Таблица А.4 - Экспериментальные теплоты образования и ошибки при вычислении этих величин квантовохимическими методами.
МолекулаЭкспериментальная величина НАОшибка при вычислении методом13-21ГФ6-31ГФ*МПДП12345Метан-75-4225Этан-85182Пропан-104280Этилен-52-7-1012Пропилен218-100цис - Бутен 2-8-15-9транс Бутен - 2-13-1313-9H2C=CMe2-18-16129H2C=C=CH2192-11-29-8H2C=CH-CH=CH2109-205212C2H2228-7-33121862-25-15146220-44475645-46Циклопропан53-35-10-6Циклопропен278-77-448Циклобутен158-47-34-26Бензол83-11456H2O-243-20-11-14H2O2-1367713-24CO-111395685CO2-395316479CH3OH-20222-21-39C2H5OH-23623-20-29CH2O-1091533-29HCOOH-38147-54-8CH3CHO-1671583-11CH3COCH3-21817-3210CH3OCH3-18548-44-30NH3-46-4-1720N2H49632-8-36цис HN=NH214-33-16-72HN3295-724411Продолжение таблицы А.4CH3NH2-23140-8CH3NCH3-18228-9HCN13637511CH3CN885814-8CH3NC15034-102310946-33HNO2-79-15--92N2O80-64-1647Средняя ошибка-292526Примечание 1 - при расчете теплот образования методами 3-21ГФ и 6-31ГФ* использованы корректирующие параметры из таблицы 1.5
Таблица А.5 - Корректирующие параметры для расчета теплот образования молекул неэмпирическими методами
АтомМетодОСТ-3ГФ3-21ГФ6-31ГФ*Н-0,57429-0,56908-0,56912С-37,40983-37,67347-37,88940N-53,74645-54,14898-54,46617O-73,77352-74,36308-74,78492
Таблица А.6 - Теплоты реакций изомеризации (кДж/моль)
РеакцияМПДПЭкспериментСН3С?H > СН2=С=CH21261058626322244231213-52831315442-23С2Н5NH2 > (СН3)2NH273080СН3СN > СН3NС17060С2Н5OH > СН3OСН34849113113СН3СOOН > НСOOСН3678772
Таблица А.7 - Вычисленные энергии активации (кДж/моль) для реакций, приведенных на схемах 1 5.
РеакцияМПДПКМПДПХФКХФ11400331344327252342048341936275896385594343316315286539627121220264583904374027405299455361884961191319538502550-1056854048343011458382411436124253474264031345332334837