Исполнение федерального бюджета осуществляется на основе отражения всех операций и средств бюджета в системе балансовых счетов Федерального казначейства. Федеральное казначейство, созданное в 1992 г., призвано проводить такую государственную бюджетную политику, которая обеспечивает: эффективное управление доходами и расходами в процессе исполнения федерального бюджета, повышение оперативности в финансировании государственных программ, усиление контроля за поступлением, целевым и экономным использованием бюджетных средств.

Отсутствие казначейской системы исполнения бюджета характеризовалось следующими основными недостатками:

1. Учет доходов федерального бюджета осуществлялся ЦБ, который только 4 раза в месяц информировал Минфин о сумме поступивших доходов на счета доходов федерального бюджета, открытых в системе ЦБ, а также в коммерческих банках. Один раз в месяц ЦБ представлял отчетность по видам поступивших доходов в территориальном разрезе. Но в этой отчетности отражались лишь важнейшие виды налогов и платежей в федеральный бюджет, т. е. их детализация не соответствовала позициям бюджетной классификации.
2. Данные сводок Госналогслужбы о налогах и платежах, составляющихся 2 раза в месяц, неадекватны отчетности ЦБ из-за неполноты учета отдельных видов и сумм доходов (от внешнеэкономической деятельности и доходы, поступающие через ОПЕРУ ЦБ), а также ввиду отсутствия выверки данных об уплаченных налогоплательщиками и фактически зачисленных сумм налогов на локальном и региональном уровнях.
3. Система аккумуляции и учета доходов федерального бюджета была неоперативной, поскольку между датой сбора и представления информации и реальным зачислением сумм поступивших налогов и платежей проходило 2-4 рабочих дня, а отчетность в разрезе видов доходов поступала лишь в конце месяца, следующего за отчетным.
4. Система финансирования без участия казначейства позволяла учитывать, контролировать и достоверно информировать федеральное Правительство лишь о суммах перечислений с главного счета расходов федерального бюджета на счета главных распорядителей средств. Дальнейшие денежные потоки не просматривались, прохождение средств через банковскую систему не контролировалось, соблюдение целевого характера бюджетных средств не гарантировалось.
5. Понятие «единства кассы» в отношении средств федерального бюджета было неприменимо, т.к. существовали множественность и многоуровневость счетов по учету бюджетных средств.
6. Отсутствовал контроль за объемом принимаемых бюджетополучателями на себя обязательств, которые оплачиваются за счет средств федерального бюджета. Это приводило к неконтролируемому росту кредиторской задолженности и, соответственно, к увеличению неплатежей в народном хозяйстве.

Вся совокупность казначейского исполнения бюджета может быть представлена четырьмя основными фазами:

I фаза. Доведение уведомлений о бюджетных ассигнованиях. Оно

осуществляется по этапам:

1. Доведение Департаментом бюджетной политики МФ РФ утвержденной сводной бюджетной росписи до Главного управления федерального казначейства (ГУФК);
2. Доведение ГУФК до главных распорядителей средств росписи по соответствующему федеральному органу исполнительной власти или иному прямому получателю средств федерального бюджета, составленной по функциональной и экономической классификациям расходов бюджета РФ с поквартальным распределением.
3. Представление главными распорядителями средств в ГУФК, согласованных с соответствующими департаментами отраслевого финансирования Минфина, уведомлений о бюджетных ассигнованиях с поквартальным распределением в разрезе территорий субъектов РФ, распорядителей средств и получателей средств, непосредственно подчиненных главному распорядителю; показателей функциональной и экономической классификации расходов бюджетов РФ;
4. Доведение ГУФК уведомлений о бюджетных ассигнованиях до всех распорядителей и получателей средств через территориальные органы федерального казначейства.

На основании полученных уведомлений распорядители и получатели средств составляют сметы расходов и утверждают их у вышестоящего распорядителя средств. Затем сметы с приложением расчетов и обоснований показателей представляются в соответствующий орган федерального казначейства для проверки на соответствие доведенным уведомлениям о бюджетных ассигнованиях. Сметы без обоснований и расчетов к финансированию не принимаются. Главные распорядители средств также представляют сметы расходов на собственное содержание в соответствующий орган федерального казначейства. При отсутствии у бюджетных учреждений после установленного срока утвержденных смет финансирование расходов федерального бюджета по их лицевым счетам федерального казначейства не производится.

II фаза. Доведение уведомлений о лимитах бюджетных обязательств, формируемых на один месяц на основании сводной бюджетной росписи федерального бюджета, бюджетных ассигнований и прогноза поступления доходов, производится в следующем порядке.

1. Департамент бюджетной политики доводит до начала месяца утвержденные Министром финансов РФ лимиты обязательств на следующий месяц в разрезе функциональной классификации расходов бюджетов РФ до соответствующих главных распорядителей средств через ГУФК;
2. Главные распорядители средств представляют в ГУФК согласованные с департаментами отраслевого финансирования возвратные лимиты бюджетных обязательств в разрезе распорядителей и получателей средств, непосредственно подчиненных главному распорядителю средств, и функциональной классификации расходов бюджетов РФ, в пределах общей суммы лимита, утвержденного на данный месяц главному распорядителю средств;
3. ГУФК до начала соответствующего месяца текущего года доводит утвержденные главными распорядителями средств лимиты обязательств до распорядителей и получателей средств, непосредственно подчиненных главному распорядителю средств, через УФК по субъектам РФ (далее управления федерального казначейства — УФК).
4. УФК доводят лимиты обязательств до соответствующих распорядителей и получателей средств, непосредственно подчиненных главному распорядителю средств;
5. Распорядители средств представляют в УФК распределение лимитов бюджетных обязательств по получателям средств;
6. После проверки правильности распределения лимитов бюджетных обязательств УФК доводят распределение до соответствующих отделений федерального казначейства, которые сообщают их получателям средств.

Лимиты бюджетных обязательств прекращают свое действие 31 декабря.

Ш фаза. Принятие обязательств федерального бюджета главными распорядителями средств, распорядителями и получателями средств возможно только на основании уведомлений о выделенных лимитах бюджетных обязательств.

Документы, подтверждающие наличие у получателя средств обязательств федерального бюджета (договоры, соглашения, сметные расчеты и обоснования, инкассовые поручения (исполнительные документы) и др.), представляются в органы федерального казначейства, которые проверяют их соответствие сметам доходов и расходов бюджетных учреждений и доведенным лимитам бюджетных средств.

IV фаза. Финансирование расходов федерального бюджета предусматривает:

• Разрешение на осуществление платежа (совершение разрешительной надписи);
• Осуществление платежа.

Процедура разрешения на осуществление платежа состоит из:

1. Проверки органом федерального казначейства соответствия расчетно-платежного документа получателя средств утвержденным и лимитам бюджетных обязательств, с учетом внесенных изменений, зарегистрированным принятым обязательствам федерального бюджета, кассовой заявке, а также правильности составления и оформления расчетно-платежного документа получателем средств;
2. Оформления документов подписями руководителя, главного бухгалтера и оттиском печати органа федерального казначейства.

Процедура осуществления платежей за счет средств федерального бюджета включает 3 этапа:

1. Передачу органами федерального казначейства представленных и надлежаще оформленных владельцами лицевых счетов расчетно-платежных документов (платежные и инкассовые поручения, чеки) в учреждениях банков;
2. Списание сумм платежей со счетов по учету средств федерального бюджета органов федерального казначейства;
3. Отражение этих операций по лицевым счетам.

Осуществление платежей производится органами федерального казначейства в течение срока действия доведенных лимитов бюджетных обязательств текущего года по показателям экономической классификации расходов бюджетов РФ в соответствии с поквартальным распределением утвержденных и доведенных бюджетных ассигнований на основании заключенных договоров на закупку товаров, выполнение работ (услуг) для федеральных нужд, начисленных установленных денежных выплат, принятых иных обязательств федерального бюджета. При этом принятые получателем средств обязательства, подлежащие исполнению в данном месяце, не могут превышать доведенные с начала года лимиты бюджетных обязательств с учетом осуществленных платежей по соответствующему показателю экономической классификации расходов бюджета РФ.

В целом, казначейская система исполнения федерального бюджета приводит к существенному изменению всех процедур формирования и использования государственных финансовых ресурсов: сокращаются встречные потоки государственных денежных средств, усиливается сплошной и непрерывный контроль за федеральными бюджетными средствами, повышаются достоверность и качество информации о состоянии бюджетной системы страны, растет бюджетно-правовая ответственность всех участников формирования и исполнения федерального бюджета. Казначейские органы стали играть активную роль в реализации бюджетного федерализма: они расщепляют налоги между федеральным центром и субъектами РФ, осуществляют все операции по прохождению федеральных ресурсов до бюджетополучателей в регионах.