Тема работы: " Принципиально новый метод подготовки генома к секвенированию."

Вид материала

Документы

Содержание Создание такой методики подготовки генома к секвенированию, чтобы

Подобный материал:

• Учебный курс так, чтобы дать ответы на ключевые, самые злободневные вопросы о том,, 290.23kb.
• 1 Встатье рассматриваются вопросы соотношения, 1701.62kb.
• Программа исследования, 416.21kb.
• Лекция №3 Близнецовый метод, 190.34kb.
• Новый метод это новая идея о технологии строительного производства, 67.44kb.
• Что такое философия?, 2098.43kb.
• Аудит нематериальных активов, 704.34kb.
• План работы мо учителей искусства, труда и физкультуры на 2011-2012 учебный год тема:, 30.12kb.
• Изобретения XIX века, принципиально изменившие жизнь человека, 45.48kb.
• Более 60 лет назад немецкий эмбриолог, лауреат Нобелевской премии, Шпеман впервые поставил, 27.67kb.

Код работы: Е₂-01-11-04

Капранова Ольга 11 Класс экстернат школа N199

Тема работы: “ Принципиально новый метод подготовки генома к секвенированию.”

Руководитель: учитель биологии школы N199 Кокорева Надежда Васильевна,

курс лекций по теме “Методы исследования белков и нуклеиновых кислот. Физико-химические методы исследования в биологии.” читал в гимназии N1543 на Юго-Западе (ЗАО) Остерман Лев Абрамович.


Аннотация

1. Теоретическая часть:
   

• Цели проекта
  

Создание такой методики подготовки генома к секвенированию, чтобы:

1. в работе по расшифровке геномов было задействовано как можно меньше молекулярных генетиков высшей квалификации, которые вместо однообразной работы могли бы заниматься решением творческих задач; приведение методики к виду, наиболее удобному для дальнейшей автоматизации, так как особенно плохо поддаются автоматизации методы генетического клонирования (в разработанной методике они полностью заменяются на асимметричную полимеразную цепную реакцию);
   
2. решение проблемы восстановления последовательности расшифрованных участков соответственно геномной последовательности;
   
3. решение проблемы пропусков отрезков исходной ДНК генома между некоторыми расшифрованными фрагментами (“дыр”).
   

• Обоснование
  

Главный метод, который использовали специалисты проекта “Геном человека”, чтобы получить окончательную версию генома человека, основан на картировании с помощью искусственных хромасом бактерий – bacterial artificial chromosome (BAC). При этом расшифрованные фрагменты ДНК заново “собираются” почти вслепую и между расшифрованными фрагментами часто остаются “дыры”.

Сейчас, когда геном человека можно считать фактически расшифрованным, комитет при NHGRI пытается установить приоритеты для расшифровки предложенных биологами геномов животных, растений и др. Но даже если усилия всех крупных центров секвенирования в мире объединить, то они за год смогут расшифровать всего один – два крупных генома, поэтому многие учёные стараются придумать способ ускорить процесс расшифровки геномов. Все предложенные ими методы касаются усовершенствования секвенаторов или использования других методов секвенирования. В данной же работе приводится новый метод подготовки геномов к секвенированию, т.к. этот процесс весьма трудоёмкий, длительный, требует участия специалистов высокой квалификации и по неведомым причинам авторами других работ по теме ускорения расшифровки геномов опускается. Так же данная методика разработана таким образом, чтобы её можно было легко автоматизировать; в ней, в отличие от ранее применяемых, не присутствует элемента многократного повторения секвенирования одних и тех же фрагментов, что, с учётом уровня нынешних секвенаторов, отнимает очень много времени и требует последующей огромной аналитической работы.

2. Методы, используемые в методике:
   

1) выделение из клетки отдельной хромосомы;

2) мечение хромосомной ДНК флюоресцентной меткой по одному концу;

3) присоединение к ДНК с помощью естественной сахаро-фосфатной связи известной последовательности нуклеотидов;

4) введение хромосомы в ядро клетки;

5) культивирование клеток;

6) вырезание определенного участка из плазмиды с помощью рестриктаз;

7) HPLC (жидкостная хромотография высокого давления);

8) мечение дезоксинуклеотидов и дидезоксинуклеотидов

флюоресцентными красителями на основе дихлорородамина;

9. электрофорез;
   
10. асимметричная полимеразная реакция с использованием только одного, начального праймера.
    

3. Работа проводилась в октябре 2003 г.
   

3. Список литературы:
   

1. Остерман Л.А. - “ Методы исследования белков и нуклеиновых кислот: Пособие для студентов биологических факультетов и учащихся специализированных старших классов гимназий. ” – М.: МЦНМО, 2002.
   
2. Б. Глик, Дж. Пастернак - “ Молекулярная биология. Принципы и применение. ” – М.: “Мир”,2002.
   
3. Научно-популярный журнал «Ломоносов». Май 2003. Стр. 96-101.
   
4. ссылка скрыта
   
5. ссылка скрыта
   

6) ru/humangenome/default.htm