Самостоятельная работа 2 часа в неделю всего часов

Вид материала

Содержание

Всего часов
3. Сенсорные системы (зрение и слух).
Список литературы
Список дополнительной литературы

Подобный материал:

министерство образования и науки российской федерации

Федеральное агентство по образованию

Государственное образовательное учреждение

высшего профессионального образования

Московский физико-технический институт

(государственный университет)

УТВЕРЖДАЮ

проректор по учебной работе

д.т.н. Е.В. Глухова

«___» _____________ 200__ г.

П Р О Г Р А М М А

Курса передача и обработка информации в живой природе

по направлению 010600 «Прикладные математика и физика»

по магистерским программам 010656, 010674

факультет РТК

кафедра проблем передачи и обработки информации

курс V

семестры 10 (весенний)

лекции 32 часа Экзамен 10 семестр (весенний)

семинары нет Зачёт нет

лабораторные занятия нет

самостоятельная работа 2 часа в неделю

ВСЕГО ЧАСОВ 32

Программу составили: профессор, д.б.н. Гельфанд М.С.,

доцент, к.б.н. Бастаков В.А.

Программа обсуждена на заседании кафедры

проблем передачи и обработки информации

02 июня 2008 года

Заведующий кафедрой

чл.-корр. РАН А.П. Кулешов

1. Информационные процессы в живой клетке.

1.1. Информационные процессы в клетке: репликация, транскрипция, трансляция, (репарация, сплайсинг). Генетический код. Классические опыты и статьи (Эвери, Херши-Чейз, Мезельсон-Сталь, Крик про триплетность кода, Крик про набор аминокислот).

1.2. Информационные системы: метаболические пути, регуляция экспрессии генов, сигнальные пути, иммунная система (на геномном и клеточном уровне).

1.3. Вирусы как информационные паразиты. Стратегии фагов и антифаговых систем.

2. Биоинформатика.

2.1. Современные методы получения данных: геномика, протеомика, транскриптомика.

2.2. Задачи биоинформатики: картирование генов в геноме, функциональная аннотация белков, предсказание регуляторных сигналов в ДНК, предсказание структуры белка по последовательности, анализ транскриптомных данных.

2.3. Алгоритмы биоинформатики: поиск подслов (быстрый поиск сходств в базах данных), динамическое программирование (выравнивание, вторичная структура РНК), скрытые Марковские модели (предсказание генов, выравнивание), кластерный анализ и анализ периодичностей (транскриптомика).

2.4. Молекулярная эволюция. Построение филогенетических деревьев. Эволюция генов и геномов.

2.5. Сравнительная геномика. Системная биология: графы. Потоковые и кинетические модели метаболизма.

3. Сенсорные системы (зрение и слух).

3.1. Поведенческие основы сенсорной физиологии.

3.2. Эволюция цветового зрения.

3.3. Цветовые измерения.

3.4. Реконструкции зрительного пространства в зрительной системе и зрительные иллюзии.

3.5. Принципиальные преимущества наблюдения двумя глазами при решении различных зрительных задач.

3.6. Морфо-функциональная организация бинокулярной зрительной системы человека. Показатели состояния бинокулярных механизмов.

3.7. Обработка сигналов на периферии слуховой системы (эволюционное разнообразие приемников, эволюционное разнообразие частотной фильтрации, эволюция знаний о работе внутреннего уха млекопитающих, кохлеарная имплантация) и первичная обработка информации в слуховом пути.

4. Коммуникация.

4.1. Естественные «языки»: химические взаимодействия одноклеточных; общественные насекомые; птицы и млекопитающие (звуки, жесты); приматы.

4.2. Искусственные языки высших обезьян: жестовые и символьные.

СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ

Сетубал Ж., Мейданис Ж. Введение в вычислительную молекулярную биологию. М.–Ижевск: НИЦ «Регулярная и хаотическая динамика», Институт компьютерных исследований, 2007.
Дурбин Р., Эдди Ш., Крог А., Митчисон Г. Анализ биологических последовательностей. Вероятностные модели белков и нуклеиновых кислот. М.–Ижевск: НИЦ «Регулярная и хаотическая динамика», Институт компьютерных исследований, 2006.
Сингер М., Берг П. Гены и геномы. М.: Мир, 1998.

СПИСОК ДОПОЛНИТЕЛЬНОЙ ЛИТЕРАТУРЫ

Игнасимуту С. Основы биоинформатики. М.–Ижевск: НИЦ «Регулярная и хаотическая динамика», Институт компьютерных исследований, 2007.
Claverie J.-M., Notredame C. Bioinformatics for dummies. Wiley, 2003.
Гасфилд Д. Строки, деревья и последовательности в алгоритмах. Информатика и вычислительная биология. СПб.: Невский диалект, БХВ-Петербург. 2003.
Pevsner J. Bioinformatics and functinal genomics. – Wiley-Liss, 2003.
Koonin E.V., Galperin M.Y. Sequence–Evolution–Function. Computational approaches in comparative geniomics. Kluwer Academic Publishers, 2003.
Албертс Б., Брей Д., Льюис Дж., Рэфф К., Робертс К., Уотсон Дж. Молекулярная биология клетки. Т. 1, 2, 5. М.: Мир, 1986.
Льюин Б. Гены. М.: Мир, 1987.

Blog