Рабочая программа дисциплины «биология клетки (биофизика)» Код дисциплины по учебному плану опд ф 4

Вид материала

Содержание

Рабочая программа
1. Организационно-методический раздел
2. Распределение часов по темам и видам работ
Тема 1. Введение. Биофизика как наука
Тема 2. Кинетика биологических процессов
Тема 3. Термодинамика биологических процессов
Тема 4. Молекулярная биофизика
Тема 5. Биофизика мембран
Тема 6. Биофизика рецепции
Тема 7. Биофизика фотобиологических процессов
Тема 8. Радиационная биофизика
4. Формы промежуточного и итогового контроля
Итоговый контроль
5. Учебно-методическое обеспечение курса
Лист обновления

Подобный материал:

МИНОБРНАУКИ РОССИИ

федеральное государственное бюджетное образовательное учреждение высшего профессионального образования

«Иркутский государственный университет»

(ФГБОУ ВПО «ИГУ»)

«Утверждаю»

_____________________

Первый проректор,

Проректор по учебной работе,

проф. И. Н. Гутник

«____»_____________20____г.

Биолого-почвенный факультет

Кафедра физико-химической биологии

РАБОЧАЯ ПРОГРАММА

дисциплины «БИОЛОГИЯ КЛЕТКИ (БИОФИЗИКА)»

Код дисциплины по учебному плану ОПД Ф.3.4

Для студентов специальности 020201.65 - Биология

г. Иркутск

1. ОРГАНИЗАЦИОННО-МЕТОДИЧЕСКИЙ РАЗДЕЛ

Цель курса

Сформировать у студентов современные представления о физике биологических структур молекулярного и клеточного уровней организации, рассмотреть область применения физических методов при исследовании биологических систем, изучить основные проблемы, стоящих перед различными разделами биофизики.

Задачи курса

Сформировать системные представления о физике биологических структур на основе знаний смежных естественнонаучных дисциплин (физика, математика, биохимия и физиология);
изучить основные понятия, гипотезы, теории и законы биофизики;
рассмотреть закономерности физической организации живой материи на разных уровнях, начиная от молекулярного и заканчивая биосферным;
дать представление об основных объектах и методах исследования (как теоретических, так и практических) молекулярной биофизики, биофизики клетки и биофизики сложных систем;
научить студентов грамотному восприятию практических проблем, связанных с биофизикой в целом;

Место курса в процессе подготовки специалиста

Курс «Биофизика», является обязательной частью общепрофессиональной подготовки студентов специальности 020201 – Биология. При изучении курса используются знания и навыки, полученные студентами при освоении ряда дисциплин: Физика, Математика, Общая и органическая химия, Биохимия, Общая биология и др.

Изучение биофизики необходимо как основной элемент общебиологического образования, способствующий формированию научного мышления у будущих специалистов. Специфика данного предмета связана с одновременным использованием знаний по физике, математике, биохимии и физиологии. Тем самым биофизика по отношению к предшествующим дисциплинам выполняет функцию интегрирующей науки, закрепляет их материалистические принципы, создает у студентов представление об органическом единстве окружающего мира.

2. РАСПРЕДЕЛЕНИЕ ЧАСОВ ПО ТЕМАМ И ВИДАМ РАБОТ

для студентов очного отделения

№	Темы, разделы	Всего часов	Виды подготовки		Самостоятельная работа
№	Темы, разделы	Всего часов	Лекции	Практические, семинарские, лабораторные занятия	Самост. работа студентов	КСР
1	Тема 1. Введение. Биофизика как наука.	2	2	-	-	-
2	Тема 2. Кинетика биологических процессов	14	2	4	7	1
3	Тема 3. Термодинамика биологических процессов	10	2	-	8
4	Тема 4. Молекулярная биофизика.	15	2	4	8	1
5	Тема 5. Биофизика мембран	14	2	4	8
6	Тема 6. Биофизика рецепции	10	2	-	8
7	Тема 7. Биофизика фотобиологических процессов	15	2	4	8	1
8	Тема 8. Радиационная биофизика	10	2	-	8
ВСЕГО (часы)		90	16	16	55	3

для студентов очно–заочного отделения

№	Темы, разделы	Всего часов	Виды подготовки		Самостоятельная работа
№	Темы, разделы	Всего часов	Лекции	Лабораторные занятия	Самост. работа студентов	КСР
1	Тема 1. Введение. Биофизика как наука.	2,25	1		1	0,25
2	Тема 2. Кинетика биологических процессов	7,25	2	4	1	0,25
3	Тема 3. Термодинамика биологических процессов	3,25	2		1	0,25
4	Тема 4. Молекулярная биофизика.	10,25	3	6	1	0,25
5	Тема 5. Биофизика мембран	9,25	3	4	2	0,25
6	Тема 6. Биофизика рецепции	3,25	2		1	0,25
7	Тема 7. Биофизика фотобиологических процессов	7,25	2	4	1	0,25
8	Тема 8. Радиационная биофизика	5,25	3		2	0,25
ВСЕГО (часы)		48	18	18	10	2

3. СОДЕРЖАНИЕ ПРОГРАММЫ

3.1 Общее (по всем темам)

Тема 1. Введение. Биофизика как наука

Предмет и задачи биофизики. Биологические и физические процессы и закономерности в живых системах. Методологические вопросы биофизики. История развития отечественной биофизики. Современные направления в биофизике. Прикладное значение биофизики.

Тема 2. Кинетика биологических процессов

Основные особенности кинетики биологических процессов. Описание динамики биологических процессов на языке химической кинетики. Математические модели. Задачи математического моделирования в биологии. Общие принципы построения математических моделей биологических систем. Понятие адекватности модели реальному объекту. Динамические модели биологических процессов. Линейные и нелинейные процессы. Методы качественной теории дифференциальных уравнений в анализе динамических свойств биологических процессов. Понятие о фазовой плоскости и фазовом портрете системы. Временная иерархия и принцип "узкого места" в биологических системах. Управляющие параметры. Быстрые и медленные переменные.

Способы математического описания пространственно неоднородных систем. Стационарные состояния биологических систем. Множественность стационарных состояний. Устойчивость стационарных состояний. Модели триггерного типа. Примеры. Силовое и параметрическое переключение триггера. Гистерезисные явления. Колебательные процессы в биологии. Автоколебательные режимы. Предельные циклы и их устойчивость. Примеры. Представления о пространственно неоднородных стационарных состояниях (диссипативных структурах) и условиях их образования. Кинетика ферментативных процессов. Особенности механизмов ферментативных реакций. Понятие о физике ферментативного катализа.

Кинетика простейших ферментативных реакций. Условия реализации стационарности. Уравнение Михаэлиса-Ментен. Влияние модификаторов на кинетику ферментативных реакций. Общие принципы анализа более сложных ферментативных реакций. Влияние температуры на скорость реакций в биологических системах. Взаимосвязь кинетических и термодинамических параметров. Роль конформационных свойств биополимеров.

Тема 3. Термодинамика биологических процессов

Классификация термодинамических систем. Первый и второй законы термодинамики в биологии. Расчеты энергетических эффектов реакций в биологических системах. Характеристические функции и их использование в анализе биологических процессов.

Изменение энтропии в открытых системах. Постулат Пригожина. Термодинамические условия осуществления стационарного состояния. Связь между величинами химического сродства и скоростями реакций. Термодинамическое сопряжение реакций и тепловые эффекты в биологических системах.

Понятие обобщенных сил и потоков. Линейные соотношения и соотношения взаимности Онзагера. Термодинамика транспортных процессов. Стационарное состояние и условия минимума скорости прироста энтропии. Теорема Пригожина.

Применение линейной термодинамики в биологии. Термодинамические характеристики молекулярно-энергетических процессов в биосистемах. Нелинейная термодинамика. Общие критерии устойчивости стационарных состояний и перехода к ним вблизи и вдали от равновесия. Связь энтропии и информации в биологических системах.

Тема 4. Молекулярная биофизика

Пространственная организация биополимеров. Макромолекула как основа организации биоструктур. Пространственная конфигурация биополимеров. Статистический характер конформации биополимеров.

Условия стабильности конфигурации макромолекул. Фазовые переходы. Переходы глобула-клубок. Кооперативные свойства макромолекул. Типы объемных взаимодействий в белковых макромолекулах. Водородные связи: силы Ван-дер-Ваальса; электростатические взаимодействия; поворотная изомерия и энергия внутреннего вращения. Расчет общей конформации энергии биополимеров. Взаимодействие макромолекул с растворителем. Состояние воды и гидрофобные взаимодействия в биоструктурах. Переходы спираль-клубок.

Особенности пространственной организации белков и нуклеиновых кислот. Модели фибриллярных и глобулярных белков. Количественная структурная теория белка. Динамические свойства глобулярных белков. Структурные и энергетические факторы, определяющие динамическую подвижность белков. Гиперповерхности уровней конфирмационной энергии. Динамическая структура олигопептидов и глобулярных белков; конфирмационная подвижность. Методы изучения конфирмационной подвижности: изотопный обмен, люминесцентные методы, ЭПР, гамма-резонансная спектроскопия, ЯМР высокого разрешения, импульсные методы ЯМР, методы молекулярной динамики. Карты уровней свободной энергии пептидов.

Связь характеристик конформационной подвижности белков с их функциональными свойствами. Динамика электронно-конформационных переходов. Роль воды в динамике белков. Роль конформационной подвижности в функционировании ферментов и транспортных белков.

Электронные свойства биополимеров. Электронные уровни в биопомерах. Основные типы молекулярных орбиталей и электронных состояний. Схема Яблонского для сложных молекул. Принцип Франка - Кондона и законы флуоресценции. Люминесценция биологически важных молекул. Механизмы миграции энергии: резонансный механизм, синглет-синглетный и триплет-триплетный переносы, миграция экситона. Природа гиперхромного и гипохромного эффектов.

Возбужденные состояния и трансформация энергии в биоструктурах. Перенос электрона в биоструктурах. Различные физические модели переноса электрона. Туннельный эффект. Туннелирование с участием виртуальных уровней. Электронно-конформационные взаимодействия и релаксационные процессы в биоструктурах.

Современные представления о механизмах ферментативного катализа. Электронно-конформационные взаимодействия в фермент-субстратном комплексе. Формула для константы скорости образования многоцентровой активной конфигурации.

Тема 5. Биофизика мембран

Структура и функционирование биологических мембран. Мембрана как универсальный компонент биологических систем. Развитие представлений о структурной организации мембран. Характеристика мембранных белков и липидов. Динамика структурных элементов мембраны. Белок-липидные взаимодействия. Вода как составной элемент биомембран. Модельные мембранные системы. Монослой на границе раздела фаз. Бислойные мембраны. Протеолипосомы.

Физико-химические механизмы стабилизации мембран. Особенности фазовых переходов в мембранных системах. Вращательная и трансляционная подвижность фосфолипидов, флип-флоп переходы. Подвижность мембранных белков. Влияние внешних (экологических) факторов на структурно-функциональные характеристики биомембран.

Поверхностный заряд мембранных систем; происхождение электрокинетического потенциала. Явление поляризации в мембранах. Дисперсия электропроводности, емкости, диэлектрической проницаемости. Зависимость диэлектрических потерь от частоты.

Свободные радикалы при цепных реакциях окисления липидов в мембранах и других клеточных структурах. Образование свободных радикалов в тканях в норме и при патологических процессах. Роль активных форм кислорода. Антиоксиданты, механизм их биологического действия. Естественные антиоксиданты тканей и их биологическая роль.

Транспорт веществ через биомембраны и биоэлектрогенез. Пассивный и активный транспорт веществ через биомембраны. Транспорт неэлектролитов. Проницаемость мембран для воды. Простая диффузия. Ограниченная диффузия. Связь проницаемости мембран с растворимостью проникающих веществ в липидах. Облегченная диффузия. Транспорт сахаров и аминокислот через мембраны с участием переносчиков. Пиноцитоз.

Транспорт электролитов. Электрохимический потенциал. Ионное равновесие на границе мембрана - раствор. Профили потенциала и концентрации ионов в двойном электрическом слое. Пассивный транспорт; движущие силы переноса ионов. Электродиффузионное уравнение Нернста-Планка. Уравнения постоянного поля для потенциала и ионного тока. Проницаемость и проводимость. Соотношение односторонних потоков (соотношение Уссинга).

Потенциал покоя, его происхождение. Активный транспорт. Электрогенный транспорт ионов. Участие АТФаз в активном транспорте ионов через биологические мембраны. Ионные каналы, теория однорядного транспорта. Ионофоры: переносчики и каналообразующие агенты. Ионная селективность мембран (термодинамический и кинетический подходы). Потенциал действия. Роль ионов Na⁺ и K⁺ в генерации потенциала действия в нервных и мышечных волокнах; роль ионов Ca²⁺ и Cl^- генерации потенциала действия у других объектов. Механизмы активации и инактивации каналов.

Математическая модель нелинейных процессов мембранного транспорта. Флуктуации напряжения и проводимости в модельных и биологических мембранах.

Распространение возбуждения. Кабельные свойства нервных волокон. Математические модели процесса распространения нервного импульса. Физико-химические процессы в нервных волокнах при проведении рядов импульсов (ритмическое возбуждение). Энергообеспечение процессов распространения возбуждения. Основные понятия теории возбудимых сред.

Молекулярные механизмы процессов энергетического сопряжения. Связь транспорта ионов и процесса переноса электрона в хлоропластах и митохондриях. Локализация электротранспортных цепей в мембране. Структурные аспекты функционирования связанных с мембраной переносчиков. Асимметрия мембраны. Основные положения теории Митчелла. Электрохимический градиент протонов. энергизированное состояние мембран; роль векторной Н+-АТФазы. Сопрягающие комплексы, их локализация в мембране. Функции отдельных субъединиц. Конформационные перестройки в процессе образования макроэрга. Бактериородопсин как молекулярный фотоэлектрический генератор. Физические аспекты и модели энергетического сопряжения.

Тема 6. Биофизика рецепции

Гормональная рецепция. Общие закономерности взаимодействия лигандов в рецепторами. Роль структуры плазматической мембраны в процессе передачи гормонального сигнала. Рецептор-опосредованный внутриклеточный транспорт. Представления о цитоплазменно-ядерном транспорте. Методы исследования гормональных рецепторов.

Сенсорная рецепция. Проблема сопряжения между первичным взаимодействием внешнего стимула с рецепторным субстратом и генерацией рецепторного (генераторного) потенциала. Общие представления о структуре и функции рецепторных клеток. Место рецепторных процессов в работе сенсорных систем.

Фоторецепция. Строение зрительной клетки. Молекулярная организация фоторецепторной мембраны; динамика молекулы зрительного пигмента в мембране. Зрительные пигменты: классификация, строение, спектральные характеристики; фотохимические превращения родопсина. Ранние и поздние рецепторные потенциалы. Механизмы генерации позднего рецепторного потенциала.

Механорецепция. Рецепторные окончания кожи, проприорецепторы. Механорецепторы органов чувств: органы боковой линии, вестибулярный аппарат, кортиев орган внутреннего уха. Общие представления о работе органа слуха. Современные представления о механизмах механорецепции; генераторный потенциал. Электрорецепция.

Хеморецепция. Обоняние. Восприятие запахов: пороги, классификация запахов. Вкус. Вкусовые качества. Строение вкусовых клеток. Проблема вкусовых рецепторных белков. Рецепция медиаторов и гормонов. Проблема клеточного узнавания. Механизмы взаимодействия клеточных поверхностей.

Тема 7. Биофизика фотобиологических процессов

Механизмы трансформации энергии в первичных фотобиологических процессах. Взаимодействие квантов с молекулами. Первичные фотохимические реакции. Основные стадии фотобиологического процесса. Механизмы фотобиологических и фотохимических стадий. Кинетика фотобиологических процессов. Проблемы разделения зарядов и переноса электрона в первичном фотобиологическом процессе. Роль электронно-конформационных взаимодействий.

Биофизика фотосинтеза. Структурная организация и функционирование фотосинтетических мембран. Два типа пигментных систем и две световые реакции. Организация и функционирование фотореакционных центров. Проблемы первичного акта фотосинтеза. Электронно-конформационные взаимодействия. Фотоинформационный переход. Кинетика и физические механизмы переноса электрона в электрон-транспортных цепях при фотосинтезе. Механизмы сопряжения окислительно-восстановительных реакций с трансмембранным переносом протона. Особенности и механизмы фотоэнергетических реакций бакте-риородопсина и зрительного пигмента родопсина.

Фоторегуляторные и фотодеструктивные процессы. Основные типы фоторегуляторных реакций растительных и микробных организмов: фотоморфогенез, фототропизм, фототаксис, фотоиндуцированный каротиногенез. Спектры действия, природа фоторецепторных систем, механизмы первичных фотореакций. Фитохром как фоторецепторная система регуляции метаболизма растений. Молекулярные свойства и спектральные характеристики фитохрома. Понятие о фотохромных молекулах и фотохромном механизме фотоактивации ферментов.

Фотохимические реакции в белках, липидах и нуклеиновых кислотах. ДНК как основная внутриклеточная мишень при летальном и мутагенном действии ультрафиолетового света. Фотосенсибилизированные и двухквантовые реакции при повреждении ДНК. Механизмы фотодинамических процессов. Защита ДНК некоторыми химическими соединениями. Эффекты фоторепарации и фотозащиты. Ферментативный характер и молекулярный механизм фотореактивации. Роль фотоиндуцированного синтеза биологически активных соединений в процессе фотозащиты.

Тема 8. Радиационная биофизика

Электромагнитные излучения и поля в природе, технике и жизни человека. Общая физическая характеристика ионизирующих и неионизирующих излучений. Гамма- и рентгеновские лучи. Рентгеноструктурный анализ, лучевая ультрамикрометрия, радиационно-химические методы. Ультрафиолетовое и видимое излучения. Спектроскопия в УФ и видимой области. Лазерная спектроскопия, исследования электронно-вращательных спектров, фотохимические методы исследования. Инфракрасное излучение, инфракрасная спектроскопия. Радиочастоты: СВЧ, УВЧ, ВЧ НЧ. Микроволновая спектроскопия, спектроскопия ЭПР, ЯМР, диэлектрическая спектроскопия, методы электропроводности.

Использование различных видов излучений в медицине, технике и сельском хозяйстве. Специфика первичных (физических) механизмов действия различных видов излучений на молекулы. Поглощение и размен энергии. Конечный биологический эффект при действии ионизирующих и неионизирующих излучений на биологические объекты и системы.

Биологическое действие ионизирующих излучений. Первичные и начальные биологические процессы поглощения энергии ионизирующих излучений. Механизмы поглощения рентгеновских и гамма-излучений, нейтронов, заряженных частиц. Экспозиционные и поглощенные дозы излучений. Единицы активности радионуклидов. Единицы доз ионизирующих излучений. Фактор изменения дозы облучения. Зависимость относительной биологической эффективности от линейных потерь энергии излучений. "Малые" и "большие" дозы радиации. Стохастические и статистические эффекты.

Инактивация молекул в результате прямого и непрямого действия ионизирующих излучений. Дозовые зависимости. Прямое действие радиации на ферменты, белки, нуклеиновые кислоты, липиды, углеводы. Первичные процессы, приводящие к инактивации макромолекул при прямом действии радиации. Радиочувствительность молекул. Радиолиз воды и липидов. Взаимодействие растворенных молекул с продуктами радиолиза растворителей. Эффект Дейла. Образование возбужденных молекул, ионов и радикалов. Количественная характеристика непрямого действия радиации в растворах. Роль модификаторов в радиолизе молекул.

Радиационная биофизика клетки. Количественные характеристики гибели облученных клеток. Репродуктивная и интерфазная гибель клеток. Апоптоз. Принцип попадания, концепция мишени. Эволюция этих понятий. Основы микродозиметрии ионизирующих излучений. Первичные физико-химические процессы в облученной клетке. Роль молекулярных механизмов репарации ДНК и репарационных ферментов в лучевом поражении клетки. Роль повреждения биологических мембран в радиационных нарушениях клетки. Окислительные процессы в липидах и антиокислительные системы, участвующие в первичных биофизических и последующих лучевых реакциях.

Радиационная биофизика сложных систем. Временные и дозовые эффекты радиации. Сравнительная радиочувствительность биологических объектов и систем. Действие малых доз и хронического облучения. Особенности действия разных видов облучения организмов разными типами радиации.

Этапы ответных реакций на острое облучение: физический, биофизический и общебиологический. Синдромы острого лучевого поражения: костно-мозговой, кишечный и церебральный. Критические процессы лучевого поражения. Лучевой токсический эффект. Роль биофизических исследований сложных систем в анализе первичных и последующих лучевых процессов. Проблема риска. Факторы, модифицирующие лучевое поражение: радиопротекторы и радиосенсибилизаторы, их химическая природа и биологическое действие. Эндогенный фон радиорезистентности. Лучевые реакции и стресс. Кислородный эффект и механизмы его проявления.

3.2 Темы семинарских занятий

Семинарских занятий по данному курсу учебным планом не предусмотрено. В соответствии с программой дисциплины по основным разделам курса проводятся лабораторные работы:

Лабораторная работа 1. Кинетика биологических процессов - 4 часа

Моделирование биологических процессов с помощью компьютерных программ:

Динамика численности популяций;
Модель Вольтера;
Игра «Жизнь»
Лабораторная работа 2. Молекулярная биофизика – 6 часов
Измерение импеданса.
Электрофоретическая подвижность биомолекул в зависимости от электродинамических параметров

Лабораторная работа 3. Биофизика мембран – 4 часа

Определение сопротивления кожи.

Лабораторная работа 4. Биофизика фотобиологических процессов – 4 часа

Применение закона Ламберата-Бугера-Бэра для определения концентрации веществ в растворе.

3.3 Тематика заданий для самостоятельной работы

Углубление знаний по курсу осуществляется за счет организации самостоятельной работы студентов по разделам, установленных программой дисциплины. На самостоятельное освоение курса отводится 50 % от общего объема нагрузки - 61 час.

Значение биофизики для медицины, сельского хозяйства, экологии, космических исследований.
Разделы биофизики – биофизика сложных систем, биофизика клетки, молекулярная биофизика.
Биофизические методы исследования - спектральные, электрические, радиоизотопные, физико-химические, микрохимические.
Простейшие кинетические модели биологических процессов
Исследование стационарного состояния систем.
Сравнительные особенности классической термодинамики и термодинамики необратимых процессов.
Проблема нелинейности в термодинамике биологических систем.
Общие закономерности формирования макромолекул.
Ковалентные и слабые связи (кулоновские взаимодействия, водородные связи, силы Ван-дер-Ваальса, дисперсные силы).
Развитие представлений о структурной организации мембран: липидная теория, модель «сэндвич», теория «унитарной мембраны».
История открытия и изучения биоэлектрических явлений.
Электродные и ионные потенциалы.
Современное представление о механизме генерации потенциалов покоя и действия.
Методы биофизических исследований структуры и свойств молекул с использованием электромагнитного излучения: рентгеноструктурный анализ, лучевая ультрамикрометрия, различные виды спектроскопии, лазерная спектроскопия, электронный парамагнитный резонанс (ЭПР), ядерный магнитный резонанс (ЯМР).
Механизмы поглощения и излучения квантов биомолекулами.
Образование свободных радикалов при взаимодействии ионизирующей радиации с веществом.
Единицы дозы (рентген, фэр, рад, бэр), энергии (электрон-вольт) и активности (кюри). Системные и внесистемные единицы измерений.

3.4 Примерный список вопросов к экзамену

Биофизика: объект исследования, цели, задачи, методы. Основные исторические этапы становления и развития дисциплины.
Термодинамика, как наука, изучающая общие закономерности обмена и превращения энергии. Классификация термодинамических систем. Первый закон термодинамики и его применимость к биологическим системам.
Второй закон термодинамики. Изменение энтропии открытых систем. Термодинамические условия осуществления стационарного состояния.
Изменение свободной энергии химических реакций. Термодинамическое сопряжение реакций. Тепловые эффекты в биологических системах.
Соотношение между значениями движущих сил и скоростей процессов. Соотношение взаимности Онзагера.
Термодинамические критерии достижения стационарных состояний и их устойчивости. Теорема Пригожина. Принцип Ле-Шателье.
Статистическое истолкование энтропии. Формула Больцмана. Энтропия и информация.
Основные особенности кинетики биологических процессов на языке химической кинетики.
Типы химических реакций. Порядок реакции. Линейные и разветвленные цепи реакций.
Зависимость скорости химической реакции от температуры. Уравнение Аррениуса. Энергия активации. Коэффициент Вант - Гоффа.
Кинетика ферментных реакций. Уравнение Михаэлиса-Ментан.
Методы исследования кинетики сложных систем. Определение устойчивости системы по Ляпунову.
Математическое моделирование в биологии. Качественное исследование простейших моделей биологических процессов. Упрощенная модель культиватора.
Методы качественной теории дифференциальных уравнений в анализе динамических свойств биологических процессов. Понятие фазовой плоскости.
Типы динамического поведения биологических структур. Понятие о биологических триггерах, колебательных процессах. Модель Вальтера.
Статистический характер организации полимеров. Объемные взаимодействия и переходы глобула-клубок в полимерных макромолекулах.
Типы взаимодействия в макромолекулах. Силы Ван-дер-Ваальса, водородная связь, электростатические взаимодействия, внутреннее вращение и поворотная изомерия.
Конформационная энергия полипептидной цепи. Пространственная организация белков и нуклеиновых кислот.
Состояние воды и гидрофобные взаимодействия в биоструктурах.
Динамика фазовых переходов в макромолекулах. Кооперативный характер перехода спираль-клубок.
Конформационная подвижность белков по данным различных методов (методы изотопного обмена, оптической и резонансной спектроскопии).
Принцип Франка- Кондона и законы флюоресценции
Квантово-механические представления о строении атомов и молекул. Уравнение Шредингера. Квантовые уровни энергии и квантовые числа.
Образование молекулярных орбиталей. Природа и типы химической связи. Природа связи. Электронные переходы в молекуле.
Взаимодействия света с молекулами. Принцип Франка-Кондона.
Поглощение света молекулами. Спектры поглощения. Полосы поглощения. Коэффициенты поглощения. Спектры действия.
Электронные спектры биополимеров.
Современные представления о механизмах ферментативного катализа. Электроннно-конформационные взаимодействия в фермент-субстратном комплексе.
Структура и функции биологических мембран.
Поверхностный заряд мембранных систем, происхождение электрокинетического потенциала.
Методы электрофореза и их применение в биологии.
Пассивные электрические характеристики биологических тканей.
Пассивный и активный транспорт веществ через мембраны. Транспорт неэлектролитов.
Транспорт ионов через мембраны. Электрохимический потенциал.
Ионные равновесия на границе раздела фаз. Уравнение Нернста
Уравнение электродиффузии Нернста-Планка.
Диффузные потенциалы в растворе. Уравнение Гендерсона
Мембранный диффузный потенциал. Уравнение Гольдмана.
Соотношение Уссинга-Теорелла.
Перенос электронов и трансформация энергии в биомембранах.
Виды ионизирующих излучений.
Взаимодействие рентгеновского и гамма излучений со средой.
Взаимодействие нейтронного излучения со средой.
Поглощение энергии ускоренных заряженных частиц. Модель Дертингера, Юнга.
Методы регистрации ионизирующих излучений.
Количественное описание радиационных эффектов. Поглощенная доза, ЛПЭ, ОБЭ.
Эквивалентная доза. Весовой множитель W_р. Эффективная доза. Тканевый весовой множитель W_в. Экспозиционная доза. Коллективная доза.
Эффекты воздействия ионизирующих излучений на живые организмы. Принцип попадания. Концепция мишени.
Общие закономерности радиолиза. Радиолиз воды, белков, ДНК. Восстановительные процессы при облучении.
Последствия облучения. Относительная значимость риска различных радиационных эффектов.

4. ФОРМЫ ПРОМЕЖУТОЧНОГО И ИТОГОВОГО КОНТРОЛЯ:

Цель контроля: определение уровня подготовки студентов по дисциплине.

Текущий контроль проводится для оценки степени усвоения студентами учебных материалов, обозначенных в учебной рабочей программе, и осуществляется в виде непрерывного и рубежного контроля. К непрерывному контролю относятся систематические проверки знаний и навыков студентов в форме устного опроса, решения расчетных задач и рефератов. Текущий контроль осуществляется на этапе защиты лабораторных работ индивидуально каждым студентом. Рубежный контроль охватывает содержание части курса и проводится в середине семестра. Форма рубежного контроля - тестирование.

Итоговый контроль - экзамен (5 семестр). К экзамену допускаются студенты, выполнившие в полном объеме аудиторную нагрузку, самостоятельную работу и успешно сдавшие две промежуточные аттестации.

Студенты, имеющие задолженность, должны выполнить все обязательные виды деятельности, и только затем допускаются к сдаче экзамена.

Критерии оценки: ответ полный, раскрывающий историю рассматриваемой проблемы, основных акторов проблемы, теоретические положения проблемы, пути их решения.

Формально: оценивается достижение целей образовательного стандарта высшего профессионального образования и соответствия фактического уровня развития личности профессионала проектируемому.

5. УЧЕБНО-МЕТОДИЧЕСКОЕ ОБЕСПЕЧЕНИЕ КУРСА

Интернет-источники

ссылка скрыта - Интернет версия международного журнала по биохимии и биохимическим аспектам молекулярной биологии, биоорганичемской химии, микробиологии, иммунологии, физиологии и биомедицинских иссследований. Статьи в pdf-формате.
ссылка скрыта - Информационная система «Динамические модели в биологии», рассчитаная на широкий круг пользователей, включает в себя гипертекстовые документы и реляционные базы данных и обеспечивает унифицированный доступ к разнообразной информации по данной предметной области. Справочный раздел содержит сведения о научных организациях и университетах России, в которых ведутся работы по математическому моделированию в биологии, персональную информацию о российских ученых, работающих в этой области и их трудах, аннотированный список международных и российских журналов, печатающих статьи по моделированию в биологии. Библиотека содержит библиографическую, аннотированную и полнотекстовую информацию по математическому моделированию биологических процессов, в том числе специально подготовленные электронные версии более 20 российских монографий и учебных пособий по математическим моделям в биологии.
ссылка скрыта - Поиск электронных книг, публикаций, законов, ГОСТов на сайтах научных электронных библиотек. В поисковике отобраны лучшие библиотеки, в большинстве которых можно скачать материалы в полном объеме без регистрации. В список включены библиотеки иностранных университетов и научных организаций.
ссылка скрыта - Научная электронная библиотека, крупнейший российский информационный портал в области науки, технологии, медицины и образования, содержащий рефераты и полные тексты более 12 млн. научных статей и публикаций.
ссылка скрыта - портал бесплатной медицинской информации, содержит большое количество книг, учебных пособий биохимической и биофизической направленности.

Оборудование

а) Для лекционных занятий используется мультимедийный проектор;

б) При выполнении заданий самостоятельной работы студенты могут пользоваться компьютерным классом биолого-почвенного факультета;

в) Лабораторные занятия проводятся в специализированных лабораториях (ауд. 112 и 118), оснащенных необходимым оборудованием:

Весы лабораторные OHAUS;
Микроскопы (Микмед-5, БИОЛОАМ);
Термостаты (ТС-80, ТУ-10);
Шейкер-инкубатор ST-3L;
Аппарат для вертикального электрофореза;
Дезинтегратор ультразвуковой УД-20;
Дистилляторы (ДЭ-10; ДЕА-5);
Источники питания ("Эльф-4"; Б5-49);
Микродозаторы с переменным объемом («Эппендорф», «Дигитал», Ленпипет 0,1-5000 мкл)
Рефрактометр ИРФ - 454Б2М;
рН-метр (Н-5123; HI 8314)
Фотоколориметры (КФК-2 МП; КФК-2) с набором кювет;
Холодильники («Минск», «Саратов», «Индезит С 132 G»);
Центрифуги (MPW-310; К-24; К-70; ОПИ-8; «Эппендорф»);
Шкаф суховоздушный ШСВЛ-80;
Вортекс-центрифуга СМ70М;
Встряхиватель «Вортекс»;
Магнитная мешалка с подогревом;
Измеритель импеданса
Химическая посуда (пробирки, мерные цилиндры, колбы, стеклянные пипетки, воронки, химические стаканы, бюксы, бюретки, керамические ступки и пестики).

Материалы

а) Презентации к лекциям:

«Биофизика. Введение»
«Спектроскопия»;
«Первичные стадии фотобиологических процессов»;
«Мембранные ион-транспортирующие системы»;
«Термодинамика биологических процессов»;

б) Видеоклипы к лекциям:

«Ядерно-магнитный резонанс»;
«Инфракрасная спектроскопия»;
«Видимая и ультрафиолетовая спектроскопия»

в) В соответствии с планом лабораторных работ на практических занятиях используются расходные материалы:

Химические реактивы (соли, щелочи, кислоты, органические растворители);
фильтровальная бумага;
образцы биологического материала;
расходный пластик (эппендорфы, пробирки, носики для автоматических дозаторов);

г) контрольные вопросы, расчетные и ситуационные задачи для лабораторных занятий, текущей аттестации и СРС.

ЛИТЕРАТУРА

Основная

Биофизика: Учебник для вузов / Под ред. В.Г. Артюкова. – Екатеринбург: Деловая книга, 2010. – 293 с.

Дополнительная

Баврин И.И. Высшая математика: учебник / И.И. Баврин. – М.: Академия, 2010. – 616 с.
Биофизика / В.Ф. Антонов [и др.]. - М.: Гуманит. изд.центр ВЛАДОС, 1999. - 288 с.
Артюхов В.Г. Биофизика / В.Г. Артюхов, Т.А Ковалева, В.Г. Шмелев. - Воронеж: Изд-во ВГУ, 1994. - 332 с.
Богданов К.Ю. Физик в гостях у биолога / К.Ю. Богданов. - М.: Наука, 1986. – 67 с.
Болдырев А.А. Биологические мембраны и транспорт ионов / А.А. Болдырев. – М.: МГУ, 1985. – 205 с.
Веренинов А.А. Транспорт ионов у клеток в культуре / А.А. Веренинов, И.И. Мараханов. - М: Наука, 1986. – 289 с.
Волькенштейн M.B. Энтропия и информация / M.B. Волькенштейн. - М.: Наука, 1986. – 157 с.
Ладик Я. Квантовая биохимия для химиков и биологов / Я. Ладик – М.: Наука, 1982. – 255 с.
Ремизов. А.Н. Учебник по медицинской и биологической физике / А.Н. Ремизов. - М.: Высшая школа, 2003. – 300 с.
Ризниченко Г.Ю. Математические модели биологических продукционных процессов / Г.Ю. Ризниченко, А.Б. Рубин. - М., 1993. - 302 с.
Рубин А.Б. Биофизика / А.Б. Рубин // В 2-х кн. - М.: Высшая школа, 1987. – 319 с.
Рубин А.Б. Лекции по биофизике / А.Б. Рубин. – М.: МГУ, 1994. – 160 с.

Кроме этого, студентам рекомендуется изучение периодических научных изданий: «Биологические мембраны», «Биохимия», «Биофизика», «Биотехнология», «Вопросы биологической, медицинской и фармацевтической химии», «Известия РАН. Серия биологическая », «Микробиология», «Молекулярная биология», «Прикладная биохимия и микробиология».

ЛИСТ ОБНОВЛЕНИЯ

Дата	Внесенные обновления	Подпись автора	Подпись зав. кафедрой

Программу составил Приставка А.А., к.б.н., доцент кафедры физико-химической биологии биолого-почвенного факультета ИГУ __________

Программа рассмотрена и утверждена на заседании кафедры физико-химической биологии ____________

дата

Зав. кафедрой физико-химической биологии профессор В.П. Саловарова __________

Согласовано: председатель УМК биолого-почвенного факультета профессор А. Н. Матвеев __________

Blog