«Оптимизация кластерной системы на базе pvm компьютерной лаборатории физического факультета»
| Вид материала | Курсовая |
- Физического воспитания; характеристика общих принципов системы физического воспитания,, 67.36kb.
- Название «Оптимизация многоэкстремальных функций на основе кластерной модификации генетического, 52.46kb.
- Международная китайская конференция по научным исследованиям и разработкам в области, 2320.87kb.
- Использование компьютерной датчиковой системы l-микро для организации научно-исследовательской, 100.74kb.
- Использование компьютерной датчиковой системы l-микро для организации научно-иссследовательской, 100.44kb.
- Название Предмет Направление, 567.87kb.
- Н. И. Лобачевского Физический факультет Кафедра физики полупроводников и оптоэлектроники, 109.99kb.
- Развитие физических качеств на уроках физической культуры методом круговой тренировки., 210.46kb.
- Методические указания по выполнению контрольных работ по курсу «Электродинамика сплошных, 35.47kb.
- Рабочая программа курса "симметрия и интегрируемые системы" (специальность физика 010400), 80.46kb.
Оптимизация кластерной системы на базе PVM.Описание оборудования и предыдущей конфигурации программного обеспечения кластера.Парк оборудования компьютеризированной лаборатории физического факультета состоит из 10 машин с процессорами: AMD ATHLON-64 X2 4200+, оперативной памятью: 2 ГБ, сетевым адаптером: 10/100/1000 Мб/с. Процессор: ATHLON-64 X2 4200+ - является суперскалярным, содержит 3 декодера команд, теоретически позволяющих достичь пиковой производительности до 3-х операций за 1 такт в каждом ядре. Таким образом, для данного процессора, имеющего в своём составе 2 ядра и работающего на частоте 2.2 ГГц теоретический предел производительности составляет 3х2х2.2=13.2 GFlops. В данную кластерную систему входи всего 9 компьютеров, значит теоретически предел всего кластера равен 13.2х9=118.8 GFlops. Предыдущая конфигурация программного обеспечения кластерной системы позволяла использовать пропускную способность сетевого интерфейса лишь на 10 Мб/с, что плохо сказывалось на производительности установки, когда на ней считались сильно связные задачи, требующие большого количества синхронизаций друг с другом. Старая конфигурация программного обеспечения:
Установка и настройка новой конфигурации программного обеспечения кластера.
Старая операционная система была заменена на более новую Ubuntu 9.10, с более новым ядром.
PVM версии 3.4.5. была скачана с официального сайта: ссылка скрыта. Распаковав скачанный архив в домашнюю папку пользователя (~/pvm3/). В конфигурационный файл командного интерпретатора bash (/etc/bash.bashrc) добавлены следующие строчки: #pvm configuration export PVM_ROOT=/home/root/pvm3 if [ -z $PVM_ROOT ]; then if [ -d ~/pvm3 ]; then export PVM_ROOT=~/pvm3 else echo "Warning - PVM_ROOT not defined" echo "To use PVM, define PVM_ROOT and rerun your .bashrc" fi fi if [ -n $PVM_ROOT ]; then export PVM_ARCH=`$PVM_ROOT/lib/pvmgetarch` export PATH=$PATH:$PVM_ROOT/lib/$PVM_ARCH # arch-specific export PATH=$PATH:$PVM_ROOT/bin/$PVM_ARCH fi export PVM_PATH=$PVM_ROOT/bin/$PVM_ARCH export PVM_DPATH=pvm3/lib/pvmd export PVMHOSTFILE=/home/root2/.rhosts В системе установлен SSH. Для коммуникаций, PVM использует RSH или SSH, по умолчанию в файле конфигурационном файле для каждой операционной системы в PVM (например, для Linux 64-bit: ~/pvm3/conf/LINUX64.def), стоит RSH, но лучше использовать SSH. Для этого в этом файле нужно прописать значение переменной ARCHCFLAGS, параметр RSHCOMMAND должен содержать путь к команде SSH, например DRSHCOMMAND=\"/usr/bin/ssh\" . В каталоге /pvm3 выполняем команду для сборки и установки: make По окончании ее работы PVM будет готова к использованию. (На одном из этапов выполнения, команда завершилась выходом с ошибкой из-за отсутствия библиотеки m4_1.4.13-2_amd64, которая необходимо было скачать через sudo apt-get install m4 из интернета.) На этом процесс установки и настройки PVM завершен. Для удобства работы, данная конфигурация была скопирована на все узлы кластера. Следующие действия проводились только на главном узле кластера. Выполнена процедура создания беспарольного доступа пользователя root2 с консоли кластера на узлы кластера по протоколу SSH. Беспарольный доступ обеспечит более комфортную работу в PVM. Так, отпадет необходимость вводить пароли доступа при добавлении каждого нового узла и при копировании исполняемых модулей в локальные файловые системы узлов кластера. Алгоритм обеспечения беспарольного доступа следующий: а) Логинимся к консоли кластера: ssh root2@server б) Переходим в каталог ssh: cd ~/.ssh в) Генерируем rsa-ключи: ssh-keygen -t rsa г) На вопрос задать имя файла жмем Enter - остается имя по умолчанию id_rsa. д) На просьбу задать пароль жмем Enter два раза (второй раз для проверки). е) Копируем публичный ключ на узел кластера: scp id_rsa.pub ж) root2@phys1:~/.ssh з) Логинимся к узлу phys1: ssh root2@phys1 и) Переходим в каталог ssh: cd ~/.ssh к) Копируем публичный ключ: cat id_rsa.pub >> authorized_keys2 л) Отключаемся от узла phys1 м) Повторяем пункты 6-10 для остальных узлов кластера (phys2 ... physN). После проведения вышеописанной процедуры пользователь "root2" сможет подключаться к узлам кластера с консоли кластера, не вводя свой пароль. Следует отметить, таким образом, обеспечивается беспарольный доступ только для одного пользователя и только в одном направлении: консоль кластера -> узлы кластера. И только для случая, когда root2 подключается к узлам кластера под своим именем. Также был установлен CSSH, для более комфортного управления всеми узлами кластера. Для автоматического подключения узлов кластера в PVM в файле ~.rhosts были указаны имена всех хостов, которые должны входить в кластер и подключаться автоматически при старте PVM. В данном файле они указываются по принципу одно имя хоста - одна строчка, также в этом же файле можно указать дополнительные особенности конфигурации PVM на узлах кластера, за более подробным описанием данного файла рекомендуется обратиться к руководству PVM. Для автоматической проверки конфигурации кластера в файл ~.pvmrc была введена команда conf. Данный файл PVM считывает построчно при запуске и исполняет все команды стоящие каждой строке, если она не начинается с символа комментария(#).
Установка графической консоли проводилась только на главном узле кластера командой: sudo apt-get install xpvm . Для автоматической регистрации хостов в XPVM в файл ~.xpvm_host необходимо добавить также как и в файл .rhosts имена хостов по тому же принципу. Таким образом, новая конфигурация программного обеспечения:
|