Шестопалов александр михайлович экологический полиморфизм и территориальная значимость различных вирусных патогенов

Вид материалаАвтореферат диссертации
Эпизоотия высокопатогенного вируса гриппа Н5 на юге Западной Сибири
Исследование роли синантропных птиц в эпизоотии высокопатогенного гриппа
Особенности циркуляции вируса гриппа у диких и домашних птиц
Молекулярно-биологические характеристики вариантов вируса гриппа
Изучение высокопатогенных вирусов гриппа, выделенных на территории
Молекулярно-биологический и филогенетический анализ генов HA и NA штаммов
Подобный материал:
1   2   3   4

2.2.2.3. Вирус гриппа

Эколого-эпизоотологические характеристики


Анализ орнитологических данных показал, что юг Западной Сибири является уникальным местом, где пересекаются три из шести миграционных путей, проходящих через территорию Евразии. Через лесостепную и степную зону юга Западной Сибири мигрирует более 250-ти видов птиц, причем на отдельных ее участках весной может обитать до 220 видов птиц одновременно. Массовые миграции птиц протекают с конца марта до первой половины июня и со второй половины июля почти до середины октября. В послегнездовое время и при пролете образуются локальные скопления с включением до 50 видов птиц с общей численностью до 20 и более тысяч особей единовременно. При массовых скоплениях возникают контакты птиц, посещающих в течение своего жизненного цикла различные ландшафтные зоны ряда регионов и континентов (от Западной Сибири до субтропиков и тропиков Европы, Азии и Африки). Все это создает благоприятные условия для распространения возбудителей различных болезней, в том числе вируса гриппа птиц. Основными объектами при сборе проб для лабораторного анализа являлись водоплавающие и околоводные птицы: гуси, утки, кулики, чайки и крачки и др. Кроме этого, собирали материал от птиц синантропных видов: голубей, сорок, ворон и воробьев. За период с 2002 по сентябрь 2009 года в обследуемом районе было проведено 109 экспедиций по сбору проб от диких и домашних птиц. Было собрано и обследовано на наличие вируса гриппа 19856 проб. За время наблюдения (исключая период эпизоотии высокопатогенного вируса гриппа H5N1 2005-2006 годов) нами было выделено 219 изолятов вируса гриппа от 34 различных видов диких птиц.

По результатам анализа, вирусы гриппа А, циркулировавшие в предэпизотический период (2002-2005 гг). среди диких птиц на юге Западной Сибири, оказались филогенетически близкими вирусам гриппа, изолированным от диких птиц в странах Европы и южной Азии. Это указывает на распространение перелетными птицами различных вариантов вирусов гриппа А между различными регионами Евразии.


Эпизоотия высокопатогенного вируса гриппа Н5 на юге Западной Сибири

и ее последствия


Первая в России эпизоотия высокопатогенного вируса гриппа H5N1 субтипа началась на юге Западной Сибири в Новосибирской области в июле 2005 года. Первичные очаги гриппа птиц представляли собой водоемы, находящиеся на территории населенных пунктов, либо в непосредственной близости от них. Пик активности возбудителя гриппа птиц совпал с перемещением выводков диких птиц с мест гнездования на кормовые водоемы с наименьшим фактором беспокойства, которыми, как правило, и являются озера близ населенных пунктов. Развитие эпизоотии в августе, сентябре можно связать с тем, что инфицированные домашние утки и гуси занесли вирус во дворы, где происходила его передача другим видам домашней птицы и, в первую очередь, наиболее чувствительным: курам и индюкам.

Первый материал от погибшей птицы поступил на исследование 20 июля 2005 года из села Суздалка (Новосибирская область), где была зарегистрирована гибель домашних птиц. Вирусы гриппа Н5N1 были изолированы из органов трех погибших птиц: одной индюшки и двух кур. Гены, кодирующие гемагглютинин у выделенных изолятов, были секвенированы. Их филогенетический анализ показал, что выделенные штаммы образуют кластер (индекс поддержки = 99) с H5N1 штаммами, изолированными от птиц во время вспышки птичьего гриппа на озере Цинхай (Qinghai) в Китае в апреле 2005 года. У всех выделенных нами изолятов сайт протеолитического расщепления был – ERRRKKR/GL, что соответствовало сайту расщепления высокопатогенных штаммов, циркулирующих в странах Юго-Восточной Азии. Тест на патогенность с использованием 6-ти недельных цыплят также подтвердил, что все выделенные штаммы являются высокопатогенными для птиц (HPAI).

Таким образом, нами впервые было показано, что массовая гибель домашней птицы на юге Западной Сибири летом 2005 года была вызвана высокопатогенным вирусом гриппа Н5N1 субтипа, генетически родственным вирусам, выделенным во время майской вспышки (2005г.) на озере Цинхай (Северный Китай).

Всего за время эпизоотии 2005 года нами было собрано или получено 4993 образца от диких и домашних птиц и выделено 55 изолятов высокопатогенного вируса гриппа H5N1 субтипа.


Исследование роли синантропных птиц в эпизоотии высокопатогенного гриппа

у диких и домашних птиц на юге Западной Сибири


При изучении эпизоотии и особенно ситуации в постэпизоотический период важным оставался вопрос о роли синантропных птиц в распространении высокопатогенного вируса гриппа птиц и возможности формирования локальных очагов данного патогена у птиц, не являющихся основным резервуаром. Для этого был проведен мониторинг вируса гриппа А среди синантропных видов птиц в эпизоотический и постэпизоотический периоды (с сентября 2005 по март 2006) в местах первичного распространения гриппозной инфекции на юге Западной Сибири. Было собрано 458 образцов от 10 видов птиц, в т.ч. 70 образцов в эпизоотический и 388 – в постэпизоотический периоды. В результате проведенных исследований ни одного высокопатогенного вируса гриппа H5N1-субтипа выделено не было. Был выявлено один изолят непатогенного вируса гриппа субтипа H4N6 у обычной сороки. Полученные данные указывают на то, что синантропные птицы играли незначительную роль в поддержании циркуляции высокопатогенного вируса гриппа H5N1 во время эпизоотии 2005-2006 гг. на юге Западной Сибири.


Особенности циркуляции вируса гриппа у диких и домашних птиц

в постэпизоотический период


Несмотря на то, что осенью 2005 и весной 2006 годов на юге Западной Сибири было зафиксировано несколько случаев локальной гибели домашней птицы, мы считаем, что эпизоотия высокопатогенного гриппа Н5N1 на этой территории закончилась осенью 2005 года с окончанием осенней миграции птиц и наступлением холодов. Анализируя циркуляцию вирусов гриппа у диких и домашних птиц в летне-осенний период 2005 года (во время эпизоотии), хотелось бы отметить, что мы не выявили циркуляции ни одного иного серотипа вируса гриппа, кроме высокопатогенного Н5N1. Весна 2006 года характеризовалась также практически полным отсутствием любых субтипов вируса гриппа у диких птиц обследованных на территории юга Западной Сибири. Был выделен только один изолят вируса гриппа Н5N1 из 237 собранных проб. Характерно, что утка была отстрелена во время весенней охоты и была клинически здоровой. Этот факт указывал на то, что во время весенней миграции 2006 был возможен повторный занос вирусов Н5N1 субтипа на юге Западной Сибири, что в дальнейшем и случилось. Так, в мае 2006 года одновременно в двух селах Омской и Новосибирской областей была зафиксирована гибель домашней птицы на частных подворьях. Из органов погибших птиц был выделен и охарактеризован высокопатогенный вирус гриппа Н5N1 субтипа, генетически близкий вирусам, циркулировавшим на территории Западной Сибири в 2005 году. Все вспышки, описанные на этот период, были вызваны вирусом гриппа H5N1-субтипа, принадлежащего к генетической линии Цинхай-подобных вирусов – клада 2.2 (clade 2.2) (рис. 4, 5) .

При проведении мониторинга вируса гриппа на юге Западной Сибири в последующие годы (2006-2009) нами было собранно и обследовано 14307 проб от диких и домашних птиц. За этот период было выделено 133 изолята вируса гриппа различного субтипа, не считая высокопатогенных H5N1. Анализ полученных данных показал, что начиная со второй половины 2006 года, появляется разнообразие выделяемых субтипов вируса гриппа, которое полностью отсутствовало во время эпизоотии 2005 года и в постэпизоотический период 2006 года (январь – август). Во второй половине 2006 года и в 2007 году были выделены и субтипы H3N8, H5N2, H4N6 и др. Аналогичная картина наблюдалась и в 2008 и 2009 годах.

При обследовании колонии сизых чаек (Larus canus) в июле 2006 г. на оз. Чаны в Новосибирской области из клоакального смыва, взятого прижизненно, был выделен изолят H5N1. Выделение высокопатогенного вируса гриппа H5N1-субтипа от клинически здоровой особи является чрезвычайно интересным и важным в эпизоотологии данного заболевания. Данный факт указывает на то, что в популяциях некоторых видов птиц наступило равновесие между паразитом и хозяином, когда паразиту (в данном случае вирусу гриппа) не целесообразно уничтожать своего хозяина, а предпочтительно сосуществовать вместе.

В мае–июне 2009 г. новая вспышка высокопатогенного гриппа птиц была отмечена на берегу оз. Увс-Нуур. Филогенетический анализ нуклеотидных последовательностей гена гемагглютинина выделенных изолятов показал, что все они принадлежат к кладе 2.3.2 (рис. 4, 5) и наиболее близки вирусам, выделенным ранее в Юго-Восточной Азии и Китае. Судя по всему, на территорию России вирусы с новым генотипом были занесены перелетными птицами таким же образом, как и в 2005-2006 гг.


Молекулярно-биологические характеристики вариантов вируса гриппа,

выделенных на юге Западной Сибири


Филогенетический анализ позволяет определить и показать степень родства вирусов или отдельных генов вирусов, циркулирующих на разных территориях. В связи с этим для нас представлял большой интерес анализ не только орнитологических данных о разлете птиц с территории юга Западной Сибири, но и родство вирусов гриппа и/или генов вирусов, выделенных в различных регионах. Учитывая, что при мониторинге вируса гриппа у диких птиц в основном выделялись и определялись вирусы Н2, Н3 и Н4 субтипов гемагглютинина, нами был проведен филогенетический анализ генов, кодирующих гемагглютинин вируса гриппа именно этих субтипов.

Результаты филогенетического анализа показали, что вирусы гриппа подтипа Н4, изолированные нами в период 2002-2005 гг. от диких уток, отстреленных на юге Западной Сибири, эволюционно близки вирусам, изолированным от диких уток годом ранее в Европе; изоляты вируса гриппа подтипа Н2, выделенные нами в 2003 году от диких уток на юге Западной Сибири, эволюционно близки штаммам, изолированным от диких уток двумя годами ранее в южной Азии и штамму, изолированному от дикой утки 4-мя годами ранее в Европе; изоляты гриппа А подтипа Н3, циркулировавшие среди диких птиц на юге Западной Сибири, эволюционно близки вирусам, циркулировавшим практически в то же время среди диких птиц в Европе и штамму, изолированному ранее в Китае.

Таким образом, вирусы гриппа А различных субтипов, циркулировавшие среди диких птиц на юге Западной Сибири, филогенетически близки вирусам гриппа, изолированным от диких птиц в эти же годы в странах Европы и южной Азии. Это указывает на широкие связи юга Западной Сибири с различными регионами Евразии и подтверждает орнитологические данные о важной роли юга Западной Сибири в быстром распространении различных вариантов вирусов гриппа А во время миграций птиц на этом континенте. Быстрое распространение родственных вариантов вирусов гриппа птиц между районом проведения мониторинга и значительно от него удаленными регионами Евразии, установленное нами при орнитологическом и филогенетическом анализе изолятов вируса гриппа, объясняется уникальным пересечением миграционных путей диких птиц на юге Западной Сибири. Во время весенних миграций в данный регион могут быть занесены вирусы гриппа, циркулирующие как среди птиц восточно-азиатского миграционного русла, пролегающего через Дальний Восток и Юго-Восточную Азию, так и среди птиц восточно-европейского миграционного потока.


Изучение высокопатогенных вирусов гриппа, выделенных на территории

юга Западной Сибири


Биологические свойства штаммов вируса гриппа H5N1-субтипа,

выделенных от диких и домашних птиц на юге Западной Сибири (2005-2009 гг.)


Учитывая большую экономическую и эпизоотическую значимость высокопатогенных вирусов гриппа H5N1, изучению биологических свойств данной группы вирусов было уделено особое внимание. Культивирование в системе развивающихся куриных эмбрионов показало, что все изученные нами штаммы вируса гриппа H5N1 вызывали гибель развивающихся куриных эмбрионов в течении 2 суток культивирования. В процессе визуального анализа инфицированных эмбрионов регистрировались поверхностные геморрагии и образование желеобразной аллантоисной жидкости. Наблюдалось глубокое поражение зародышевых оболочек эмбриона. Для определения оптимальной дозы заражения, являющейся интегральной характеристикой, описывающей инфекционные свойства различных штаммов вируса, был проведен подбор условий культивирования и оптимизирована доза заражения. Все штаммы вызывали высокую продукцию вируса в РКЭ.

Логическим продолжением работ на эмбрионах явилось изучение экспериментальной инфекции гриппа, вызываемого штаммами H5N1, у кур как наиболее релевантной модели заболевания у птиц. Тест, который был использован нами для количественной оценки патогенности конкретного штамма, заключался в определении величины индекса IVPI (intravenous pathogenicity index) при внутривенном заражении кур. Индекс IVPI может принимать значение от 0.00 до 3.00. Принято, что при значении IVPI=1.2 и выше штамм считается высокопатогенным, в остальных случаях – низкопатогенным. Первые клинические проявления инфекции и начало гибели птиц были отмечены на 1-2-е сутки после инфицирования. К третьим суткам для всех изученных штаммов, кроме A/common gull/Chany/P/2006, падеж составил 100%. Типичная картина заболевания выглядела следующим образом: снижалась двигательная активность; нахохлившись, птицы сбивались в кучки; у отдельных особей регистрировались признаки поражения желудочно-кишечного тракта. Далее отмечались поражения нервной системы: изменение походки, больная птица при передвижении приседала, прихрамывала, падала, упиралась клювом в пол, вытягивала ноги, крылья, прикрывала глаза, либо падала на спину и не могла перевернуться, беспокойно подергивала конечностями. При внешнем осмотре погибшие птицы лежали на боку с вытянутыми конечностями, либо на спине, чаще голова запрокинута, наблюдались бледность, либо умеренная цианотичность гребня и сережек. При патологоанатомическом исследовании выявлены: бледность, либо умеренная цианотичность мышечной ткани; легкие отечные, наполненные кровью, с геморрагиями и очагами некроза, тонут в воде, на разрезе темно-бордового цвета, с поверхности разреза выступает темно-бордовая, не свернувшаяся кровь. Сосуды брыжейки желудочно-кишечного тракта инъецированы, зоб и мышечный желудок наполнены кормовыми массами, либо вздуты. Печень темно-вишневого или кирпичного цвета. Желчный пузырь наполнен. Почки отечные, наполненные кровью, дряблые, имеющие зернистую консистенцию на разрезе, структура почек не различима. Селезенка темно-вишневого или темно-розового цвета с синюшным оттенком.

В результате проведенного исследования было показано, что все штаммы вируса гриппа птиц H5N1-субтипа, выделенные на юге Западной Сибири, были высокопатогенными для кур.

Поскольку ВОЗ рассматривает вирус H5N1-субтипа как потенциально пандемичный, актуально изучение патогенности различных вариантов вируса гриппа H5N1 для млекопитающих. Общепризнанной моделью изучения гриппозной инфекции является мышиная модель. Для оценки восприимчивости и летальности мышей было проведено интраназальное заражение их рядом штаммов, выделенных от диких птиц в разные годы (табл. 1).


Таблица 1 – Штаммы вируса гриппа, использованные в эксперименте по заражению мышей





Штамм

Lg ГАЕ/мл

Lg EID50/мл

LD50/мл

1

A/duck/Omsk/1822/2006

3,41±0,15

8,38±0,23

6,5±0,18

2

A/Black-headed gull/Tyva/115/09

3,71±0,15

9,0±0,20

6,4±0,25

3

A/duck/Tuva/01/06

3,71±0,15

9,13±0,34

7,0±0,26

4

A/common gull/Chany/P/2006

4,61±0,15

9,75±0,30

7,3±0,22

Примечание: В таблице приведены средние значения показателя (M±m), p<0.05; доверительный интервал определения гемагглютинирующей активности при двукратных разведениях аллантоисной жидкости 0.30 lgГАЕ/мл.


Все исследованные штаммы вызывали острую летальную инфекцию у белых мышей при интраназальном заражении, иными словами, оказались высокопатогенными для мышей. Таким образом, все выделенные штаммы потенциально опасны для млекопитающих.


Молекулярно-биологический и филогенетический анализ генов HA и NA штаммов

вируса гриппа H5N1-субтипа, выделенных на юге Западной Сибири

от диких и домашних птиц (2005-2009 гг.)


Как уже говорилось выше, важной характеристикой вируса является первичная структура его генома. Для вируса гриппа А актуальны исследование и молекулярно-биологический анализ структуры его поверхностных белков – гемагглютинина HA и нейраминидазы NA. Эти белки являются важнейшими антигенами вируса и непосредственно участвуют в инфекционном процессе. Филогенетический анализ показал, что все выделенные на юге Западной Сибири в 2005-2009 гг. штаммы относятся к двум генетическим группам, в соответствии с последовательностью гена HA. Это клады 2.2 и 2.3.2. (рис. 4, 5). При этом штаммы, выделенные на юге Западной Сибири во время первых эпизоотий гриппа птиц, образуют отдельный кластер и принадлежат к Цинхай-подобным штаммам (клада 2.2) (рис. 4, 5). Штаммы A/Black-headed gull/Tyva/115/09, A/Great crested grebe/Tyva/120/09, A/Little grebe/Tyva/118/09 и A/Spoonbill/Tyva/117/09 принадлежат к совершенно другой кладе – 2.3.2. (Гуанкси/Фуджан-подобные штаммы) (рис. 4, 5). Генетически они наиболее близки штаммам, выделенным в Японии в 2007-2008 гг., и штаммам, вызвавшим вспышку среди диких и домашних птиц в Приморском крае в апреле 2008 г.

Одной из важнейших характеристик штаммов вируса гриппа А является наличие маркера чувствительности к лечебным препаратам, особенно к Тамифлю (активное начало озельтамивир) который является наиболее эффективным при лечении гриппа и рекомендован ВОЗ к широкому применению. Озельтамивир является ингибитором нейраминидазы и известно, что аминокислотные замены в позициях 119, 274, 292 и 294 в нейраминидазе (нумерация в соответствии с NA субтипа 2), указывают на устойчивость штаммов вируса гриппа А к озельтамивиру. Все штаммы вируса гриппа H5N1, выделенные на территории юга Западной Сибири, имеют в этой позиции гистидин и являются потенциально чувствительными к озельтамивиру.

Таким образом, основным результатом мониторинга вируса гриппа у птиц на территории юга Западной Сибири явилось установление факта активной циркуляции этого патогена как у диких, так и домашних птиц. Важным результатом мониторинга считаем создание коллекции штаммов высокопатогенного вируса гриппа H5N1-субтипа, выделенных от диких и домашних птиц в России в 2005-2009 гг. и отсутствие выявленных случаев высокопатогенного гриппа H5N1-субтипа у синантропных видов птиц на юге Западной Сибири в 2005-2006 гг. Филогенетический анализ выделенных высокопатогенных вирусов гриппа H5N1 показал, что все циркулировавшие на юге Западной Сибири в 2005-2009гг. варианты вируса гриппа H5N1-субтипа имеют свое происхождение от вариантов, вызвавших эпизоотии среди диких и домашних птиц в Юго-Восточной Азии и Китае, принадлежащих к двум различным генетическим линиям - кладам 2.2 и 2.3.2.



Рисунок 4 – Филогенетическое дерево вируса гриппа H5N1 построенное на основании сравнения нуклеотидных последовательностей гена, кодирующего гемагглютинин. Подчеркнуты штаммы выделенные нами на ЮЗС.




Рисунок 5 – Филогенетическое дерево вируса гриппа H5N1 построенное на основании сравнения нуклеотидных последовательностей гена, кодирующего нейраминидазу. Выделены штаммы изолированные нами на ЮЗС.

3. ВЫВОДЫ

  1. Научная и практическая актуальность различных вирусных патогенов обусловлена потенциалом их экологического полиморфизма, максимальные эволюционные последствия реализации которого могут выражаться в их широком эпизоотическом и/или эпидемическом распространении за пределами первичного природного очага. С учетом имеющихся литературных данных, а также результатов собственных исследований, вирусы бешенства, Западного Нила и гриппа птиц являются актуальными вирусными патогенами на территории юга Западной Сибири.
  2. Критерии, определяющие степень эпизоотологической, эпидемиологической и экономической значимости тех или иных патогенов для конкретного региона основаны на их способности в резервационном и/или эпизоотическом вариантах циркулировать в природных экосистемах у максимума хозяев, а в дальнейшем – распространиться на другие территории как внутри региона, так и за его пределами с реальными возможностями заболеваемости и гибели диких животных и птиц, заболеваемости и гибели сельскохозяйственных и домашних животных (птиц), а также человека.
  3. Лисицы, являющиеся на территории юга Западной Сибири основными резервуарами вируса бешенства, обеспечивают периодичность эпизоотий (3-5 лет) и служат основным источником его дальнейшего распространения за пределы природных эпизоотических очагов. Проведение пероральной антирабической иммунизации способствует купированию инфекции не только среди диких плотоядных, но и среди сельскохозяйственных животных, а также сокращает случаи обращения за антирабической помощью людей.
  4. Результаты изучения молекулярно-генетических характеристик лиссавирусов от 17 видов диких, сельскохозяйственных и домашних животных показали наличие трех основных филогенетических кластеров в пределах генотипа 1 вируса бешенства, циркулирующего на юге Западной Сибири, что свидетельствует о широком распространении этого патогена в данном регионе.
  5. Лесостепная и степная зоны юга Западной Сибири обладают обязательными признаками традиционных очагов циркуляции вируса Западного Нила (ВЗН): наличие высокой численности восприимчивых птиц, разнообразие эпизоотически и эпидемически значимых комаров-переносчиков, а также климатические условия, благоприятные для активности переносчиков.
  6. Возможная эпизоотическая вспышка ВЗН на ЮЗС подтверждается фактами обнаружения мертвых птиц, инфицированных этим патогеном. Маркеры ВЗН обнаружены у ряда мелких млекопитающих, причем в лесостепной зоне до 100% случаев, в степной – до 40%. Разницу показателей можно объяснить различной численностью комаров-переносчиков.
  7. Филогенетический анализ показал, что западносибирские варианты ВЗН являются генетически близкими между собой, имеют ряд уникальных мутаций, но близки с патогенными для людей штаммами ВЗН, изолированными на юге России, что вызывает опасение о возможности формирования природных очагов с уникальными эколого-вирусологическими характеристиками, и распространению этих вариантов вируса в популяции сельскохозяйственных и домашних животных и человека.
  8. На юге Западной Сибири сходятся миграционные потоки более 250 видов диких птиц, зимующих в различных регионах мира, в том числе неблагополучных по высокопатогенному гриппу птиц H5N1. В этой связи указанная территория в значительной степени способствует широкому географическому распространению вирусов гриппа А в популяциях диких птиц в Евразии.
  9. В течение трех лет до начала эпизоотии высокопатогенного гриппа птиц H5N1 в РФ (август 2002 – июнь 2005 г.) на юге Западной Сибири подтверждалась циркуляция вируса гриппа типа А у диких птиц. Средняя зараженность вирусами гриппа обследованного поголовья диких птиц составила 9,4%. Все исследованные изоляты имели филогенетическое родство с вирусами гриппа, выделенными в 2000-2005 годах у диких птиц в Европе и Азии.
  10. Эпизоотия гриппа птиц типа А (субтип Н5N1) на территории юга Западной Сибири началась в июле 2005 года и в течение последующих 30 дней проявилась прежде всего «переходом» возбудителя от естественных носителей (диких птиц) на домашнюю птицу с высоким уровнем ее заболеваемости и гибели. Вторую волну эпизоотических вспышек гриппа среди домашней птицы наблюдали в октябре. В общей структуре падежа домашней птицы от гриппа за весь период эпизоотии 2005 года на июль приходится 55,2%, на август – 32% и на октябрь – 12,4%.
  11. В период эпизоотии 2005 года на территории юга Западной Сибири от диких и домашних птиц выделяли только изоляты вируса гриппа типа А субтипа Н5N1. Среди птиц синантропных видов на ЮЗС в 2005-2006 годах случаев выделения высокопатогенного вируса гриппа H5N1 не выявлено, что указывает на их незначительную роль в распространении и циркуляции вируса гриппа данного субтипа во время этой эпизоотии.
  12. Изоляты высокопатогенного вируса гриппа птиц субтипа Н5N1, выделенные в период эпизоотии 2005 года, во всех случаях имели филогенетическое родство с вирусом, выделенным в Северном Китае в мае 2005 года (клада 2.2.). В 2009 году произошел занос с дикими птицами нового генотипа высокопатогенного вируса гриппа H5N1 (клада 2.3.2.) на территорию ЮЗС. Наиболее вероятным районом, из которого был занесен этот вариант вируса, явилось, так же как и в 2005 году, озеро Цинхай (Северный Китай).