Аллельные варианты генов-кандидатов подверженности туберкулезу у русского населения Западной Сибири
Дипломная работа - Медицина, физкультура, здравоохранение
Другие дипломы по предмету Медицина, физкультура, здравоохранение
CGG GC CC97 (70,8) 38 (27,7) 2 (1,5)224 (85,2) 36 (13,7) 3 (1,1) 0,002G0,8470,9200,002D543NDD DN NN127 (91,4) 12 (8,6) 0 (0)198 (75,3) 57 (21,7) 8 (3)0,000D0,9570,8610,0001465-85 G/AGG GA AA73 (54,1) 47 (34,8) 15 (11,1)162 (61,6) 88 (33,5) 13 (4,9)0,057G0,7150,7830,040274 C/TCC CT TT80 (69) 34 (29,3) 2 (1,7)207 (78,7) 49 (18,6) 7 (2,7)0,072C0,8360,8800,127IL12B1188 A/CAA AC CC85 (65,9) 43 (33,3) 1 (0,8)104 (39,5) 119 (45,3) 40 (15,2)0,000A0,8260,6220,000VDRB/bBB Bb bb19 (17,6) 63 (58,3) 26 (24,1)2 (0,8) 88 (33,5) 173 (65,7)0,000b0,5320,8250,000F/fFF Ff ff42 (37,2) 54 (47,8) 17 (15)148 (56,3) 98 (37,3) 17 (6,4)0,001F0,6110,7490,000IL1B+3953 A1/A2A1A1 A1A2 A2A290 (64,7) 44 (31,7) 5 (3,6)197 (74,9) 61 (23,2) 5 (1,9)0,086A10,8060,8650,035IL1RNVNTRA1A1 A1A2 A2A2 другие93 (66,4) 27 (19,3) 12 (8,6) 8 (5,7)190 (72,5) 31 (11,8) 1 (0,4) 40 (15,3)0,000A1 A2 A30,786 0,186 0,0180,849 0,069 0,0130,000
Примечание. N - численность лиц с соответствующими генотипами; р - достигнутый уровень значимости
У русских г. Томска по сравнению с тувинцами аллели b гена VDR и А1 гена IL1RN встречались реже, а аллель 1188А гена IL12B - чаще. Кроме того, рассматриваемые популяционные группы статистически значимо различались по частотам аллелей и генотипов полиморфизмов 469-14G/C, D543N гена NRAMP1 и F/f гена VDR. Так, у русских чаще, чем у тувинцев наблюдали аллель 543D и реже аллель 469+14G гена NRAMP1. Индивиды, гомозиготы и гетерозиготы по аллелю f гена VDR, чаще встречались среди жителей г. Томска. Распределение генотипов полиморфизма 1465-85G/A гена NRAMP1 и +3953A1/A2 гена IL1B в исследованных популяционных группах не отличалось, однако частоты аллелей этих полиморфизмов были статистически значимо ниже у русских. Лишь для варианта 274С/Т гена NRAMP1 не найдено отличий по частотам аллелей и генотипов у русских и тувинцев.
К настоящему времени накоплены результаты многочисленных исследований роли генов-кандидатов туберкулеза в патогенезе заболевания у представителей различных этнических групп. Это позволило провести сравнительный анализ частот генотипов между русскими г. Томска и другими изученными популяциями мира. Найдены статистически значимые отличия русских от других этносов по частотам аллелей генов NRAMP1, VDR, IL12B (табл. 8).
Частота аллеля 469+14G NRAMP1 у жителей г. Томска оказалась статистически значимо ниже, чем у африканцев из Гамбии, но выше, чем у китайцев [Bellamy R. et al., 1998; Liu W. et al., 2004]. Самым широко исследованным полиморфизмом гена NRAMP1 оказался D543N. Во все изученных популяциях этот генный маркер был низко полиморфным. Русские отличались по частоте аллелей D543N от коренных жителей Башкирии, у которых аллель 543N вообще не обнаружен [Имангулова М.М. и др., 2004]. При сравнении с другими исследованными популяциями (китайцы, корейцы, японцы, татары, гамбийцы) статистически значимых отличий для этого полиморфного варианта не показано (рис. 2, табл. 8) [Имангулова М.М. и др., 2004; Bellamy R. et al., 1998; Ryu S. et al., 2000; Gao P. S. et al., 2000; Liu W. et al., 2004].
Рис. 2. Частоты аллелей гена NRAMP1 у русских г. Томска и в других популяциях мира (по данным литературы). * - р < 0,05
Таблица 8 Частоты аллелей генов-кандидатов туберкулеза в различных популяциях мира в сравнении с русскими г. Томска
NRAMP1 / 469+14 G/CПопуляцииКитайцыГамбийцыЧастота ал. ?2 (p)G=0,785 3,83 (0,050)G=0,934 18,65 (0,000)NRAMP1 / D543NПопуляцииКитайцыКорейцыЯпонцыГамбийцыТатарыБашкирыЧастота аллеля ?2 (p)D=0,981 1,84 (0,175)D=0,925 2,38 (0,123)D=0,933 1,30 (0,254)D=0,948 0,16 (0,690)D=0,983 0,94 (0,333)D=1,00 5,57 (0,018)VDR / F/fПопуляцииКитайцыИндийцы (Лондон)Частота аллеля ?2 (p)F=0,604 0,01 (0,935)F=0,806 20,28 (0,000)IL1B / +3953A1/A2ПопуляцииИндийцы (Лондон)Частота аллеля ?2 (p)A1=0,794 0,05 (0,825)IL1RN / VNTRПопуляцииИндийцы (Лондон)Частота аллеля ?2 (p)A1=0,719 A2=0,241 A3=0,039 A4=0 7,15 (0,067)IL12B / 1188A/CПопуляцииАнгличанеКамерунцыГрекиИрландцыЧастота аллеля ?2 (p)А=0,835 0,06 (0,812)А=0,625 18,37 (0,000)А=0,789 0,98 (0,323)А=0,802 0,23 (0,629)
Примечание. ?2 - критерий использован для сравнения частот аллелей; р - достигнутый уровень значимости
Рис. 3. Частоты аллелей полиморфизма F/f гена VDR, +3953A1/A2 гена IL1B, VNTR гена IL1RN у русских г. Томска и в других популяциях (по данным литературы). * - р < 0,05
Не показано различий при сравнении частот аллелей полиморфизма F/f гена VDR у русских г. Томска и китайцев [Liu W. et al., 2004]. Однако при сравнении с индийцами Лондона найдены статистически значимые отличия [Wilkinson R.J. et al., 2000]. В исследованной выборке русских аллель F гена VDR встречался реже (рис. 3, табл. 8).
Для полиморфных вариантов +3953А1/А2 гена IL1B и VNTR гена IL1RN не выявлено отличий частот аллелей у русских и индийцев Лондона. Аллель 1188А гена IL12B у жителей г. Томска встречался чаще, чем у камерунцев (?2 =18,37 р=0,000). Не выявлено различий в распространенности этого маркера при сравнении с англичанами, ирландцами и греками (рис. 4, табл. 8) [Hall M.A. et al., 2000].
Установленные различия частот аллелей сравниваемых генов между русским населением г. Томска и другими популяциями мира свидетельствуют об этнической специфичности генов-кандидатов подверженности к туберкулезу. Возможно, это является одной из причин дифференциальной распространенности ТБ в этнических группах. Интересными представляются выявленные отличия по частотам аллелей для всех анализируемых маркеров у русских г. Томска при сравнении с жителями Тувы. Кроме того, известно, что по частотом аллелей рассматриваемых генов тувинцы значительно отличались не только от русских, но и от представителей иных популяционных групп [Рудко А.А. и др., 2003]. Вероятно, этот факт обусловлен длительной изоляцией тувинцев от других этносов, что привело к формированию уникального генофонда [Пузырев В.П. и др., 1999].
Рис. 4. Частоты аллелей полиморфизма 1188А/С гена IL12B у русских г. Томска и в других популяциях мира (по данным литературы). * - р < 0,05
Известно, что между неаллельными генами, расположенными близко на хромосоме, может возникнуть неравновесие по сцеплению в силу того, что в процессе мейоза кроссинговер между ними происходит реже, чем между далеко расположенными локусами. К тому же, под возде