Аллельные варианты генов-кандидатов подверженности туберкулезу у русского населения Западной Сибири
Дипломная работа - Медицина, физкультура, здравоохранение
Другие дипломы по предмету Медицина, физкультура, здравоохранение
?щью уровня линейной регрессии и рассчитывалась по формуле [Лильин Е.Т. и др., 1984]:
y=x+b(t0 -t),
где y - коррегированное значение исходной величины (х) признака;
t - возраст индивида
t0 - определенный возраст, к которому приводятся все значения;
b - коэффициент линейной регрессии признака по возрасту, который рассчитывается по формуле:
b=rxt/st2
где rxt - коэффициент корреляции признака с возрастом;
st - стандартное отклонение возраста в выборке.
Проверку на нормальность распределений осуществляли с помощью критерия Колмогорова-Смирнова и Лилифорса. В случае неравных дисперсий использовали непараметрические тесты Манна-Уитни, Краскела-Уоллиса и медианный тест [Лакин Г.Ф., 1990]. Сравнение дисперсий проводили по критерию Левене.
Расчеты гаметического неравновесия между парами молекулярно-генетических маркеров проводили по Hill W. G. (1974). Все расчеты осуществляли с помощью программ "STATISTICA for Windows 6.0" и "Microsoft Excel 7.0".
3. Результаты и обсуждение
Учитывая поставленные задачи, исследование включало три аспекта: изучение популяционной распространенности полиморфизма генов NRAMP1, IL12B, VDR, IL1B, IL1RN, анализ связи исследованных генов с туберкулезом и поиск ассоциаций с патогенетически важными параметрами заболевания у русских жителей г. Томска. К настоящему времени получены результаты исследования аллельных вариантов генов подверженности к ТБ у тувинцев, выполненного по аналогичной схеме и с использованием того же набора полиморфизма генов [Рудко А.А. и др., 2003]. Это дало возможность провести сравнение полученных результатов между русскими жителями г. Томска и тувинцами.
3.1 Распространенность полиморфизма генов NRAMP1, IL12B, VDR, IL1B, IL1RN среди здоровых лиц (контрольная группа)
В настоящее время во многих популяциях мира достаточно широко исследованы полиморфные варианты гена NRAMP1, и в меньшей степени изучена распространенность аллелей генов VDR, IL12B, IL1B, IL1RN [Рудко А.А. и др., 2003; Имангулова М.М. и др., 2004; Bellamy R. et al., 1998; Ryu S. et al., 2000; Cervino A.C.L. et al., 2000;. Gao P. S., 2000; Baghdadi J. et al., 2004; Liu W. et al., 2004;]. Результаты исследований показали, что полиморфизм этих генов вносит вклад в возникновение туберкулеза.
Однако известно, что восприимчивость к инфекционному заболеванию определяется одновременно многими генами с различным вкладом каждого из них в формирование того или иного патологического фенотипа. К тому же, один и тот же ген может участвовать в формировании чувствительности (или резистентности) к нескольким инфекционным заболеваниям. Вероятно, для каждого гена (и их ансамблей) существует свое "поле действия", которое модифицируется средой [Пузырев В.П., 2000]. Сочетания генов предрасположенности к болезни могут быть неодинаковы в популяциях, обусловливая различия в подверженности к заболеванию у разных народов. В связи с этим перспективным направлением исследований генетических основ предрасположенности к туберкулезу является изучение вкладов конкретных сочетаний аллелей в подверженность к болезни в различающихся как по расовой, так и по этнической принадлежности популяциях.
У здоровых жителей г. Томска распределение генотипов по всем изученным полиморфным вариантам гена NRAMP1 (469+14G/C, D543N, 1465-85 G/A, 274 C/T), VDR (B/b, F/f), а также генов интерлейкинов (полиморфизм 1188A/C гена IL12B, полиморфизм +3953 A1/A2 гена IL1B) соответствовало ожидаемому при равновесии Харди-Вайнберга (РХВ), причем для большинства полиморфизмов наблюдаемая гетерозиготность (Hobs) превышала ожидаемую (Hexp) (табл.6). Лишь для частот генотипов VNTR полиморфизма гена IL1RN показано отклонение от ожидаемых при РХВ (?2=16,75 р=0,010). При этом наблюдаемое количество гомозигот А2А2 превышало ожидаемое в 2,5 раза, а уровень гетерозиготности был меньше ожидаемого (D= -0,280). Возможно, этот факт объясняется тем, что анализируемая популяционная группа индивидов была выбрана не случайным образом из общей популяции, а включала только здоровых в отношении туберкулезной инфекции.
Сравнение распространенности полиморфизма генов NRAMP1, IL12B, VDR, IL1B, IL1RN у здоровых от туберкулеза русских и тувинцев показало статистически значимые отличия между этими этническими группами, которые имели место в распределении, как частот аллелей, так и генотипов по большинству изученных генов (табл. 7). Максимальные отличия между сравниваемыми этническими группами выявлены для полиморфизма B/b гена VDR, VNTR полиморфизма гена IL1RN и 1188А/С гена IL12B.
Таблица 6 Частоты аллелей и генотипов исследованных генов у здоровых жителей г. Томска
ГенПоли-морфизмГено-типыN.O.N.E.Частота аллеля?2 (df)HobsHexpDNRAMP1469+14 G/CGG GC CC97 38 298,22 35,56 3,22G= 0,8470,44 (1)0,2770,260+0,069D543NDD DN NN127 12 0127,26 11,48 0,26D= 0,9570,01 (1)0,0860,083+0,0451465-85 G/AGG GA AA73 47 1568,98 55,04 10,98G= 0,7152,60 (1)0,3480,408-0,146274C/TCC CT TT80 34 281,11 31,78 3,11C= 0,8360,37 (1)0,2930,274+0,070IL12B1188 A/CAA AC CC85 43 187,92 37,15 3,92A= 0,8262,75 (1)0,3330,288+0,157VDRB/bBB Bb bb19 63 2623,61 53,77 30,61b= 0,5322,93 (1)0,5830,498+0,172F/fFF Ff ff42 54 1742,13 53,73 17,13F= 0,6110,00 (1)0,4780,476+0,005IL1B+3953 A1/A2A1A1 A1A2 A2A290 44 590,24 43,51 5,24A1= 0,8060,00 (1)0,3170,313+0,011IL1RNVNTRA1A1 A1A2 A1A3 A1A4 A2A2 другие93 27 4 3 12 186,49 40,94 3,96 2,20 4,84 1,57A1= 0,786 A2= 0,186 A3= 0,01816,8* (6)0,2500,347-0,280
Примечание. N.O. и N.E. - наблюдаемая и ожидаемая численности генотипов соответственно; ?2 - критерий для сравнения ожидаемого и наблюдаемого распределения генотипов; d.f. - число степеней свободы; Hobs и Hexp - соответственно наблюдаемая и ожидаемая гетерозиготность; D - относительное отклонение наблюдаемой гетерозиготности от ожидаемой; * - p < 0,05
Таблица 7 Частоты аллелей и генотипов исследованных генов у русских жителей г. Томска и тувинцев
ГенПолимор-физмГенотип / аллельРусские N (%)Тувинцы N (%)pNRAMP1469+14 G/