Казалось, награда Генриха близка. Он, обладая поддержкой антиклерикальной партии в Шотландии, и он усиливал её, освобождая заключенных Солуэй Мосс и высылая их на север, обещал поддерживать англичан, которые теперь стали протестантами, или, по крайней мере, анти-папистами. Действительно, в лице Марии Гиз и кардинала Битонского Генрих обрел настоящих врагов, но попытка через проявление фальшивого желания установить Совет регентства, в котором должен был доминировать кардинал, была расстроена, и шотландцы, в соответствии с традиционной практикой, назначили регентом Иакова Гамильтона, графа Арранского, который был главой династии Гамильтонов и возможным наследником трона.
Арран был покладистым человеком, но естественно враждебным по отношению к тем, кто пытался исключить его из регентства, и обладал поддержкой сильной партии англофилов. В январе 1543 года был арестован кардинал Битонский. Когда в марте встретились представители сословий, восстановились Дугласы, и был принят Акт, разрешающий всеобщее использование Писания на национальном языке; также были назначены послы для устроения бракосочетания между младенцем королевой и сыном Генриха Эдуардом, мальчиком шести лет. 1 июля в Гринвиче брачное соглашение было выполнено.
Казалось, Генрих одержал победу, и протестантизм перестал скрываться, но из-за самоуверенности короля дело англичан было проиграно. Он сразу же начал действовать, будто уже стал феодальным властителем Шотландии, и результатом должно было быть отождествление дела Рима с делом шотландской независимости. К сентябрю кардинала Битонский снова освободили; Арран перешел на другую сторону, и Парламент в декабре 1543 года расторг соглашение об английском браке.
Ярость Генриха не знала границ. Он вновь заявил о сюзеренитете и в 1544 и 1545 годах направил свои отряды на север, приказав сжигать и истреблять все на своем пути, а в случае сопротивления всех убивать. Разоренные аббатства и обуглившиеся останки городов и деревень свидетельствовали о жестокости его нападения. Шотландцы не бездействовали. В феврале 1545 года Ангус, вернувшийся в вассальную зависимость, одержал большую победу при Анкрум Мур, но французская армия, прибывшая весной, преуспела только в отчуждении шотландского народа, а Генрих всеми возможными способами активно продолжал свои нападения.
В противовес отступничеству Аррана он объединился с Ленноксом, следующим преемником на шотландскую корону, отдав ему в жены свою племянницу Маргарет Дуглас, дочь Маргарет Тюдор и ее второго мужа Ангуса2; он заключил сделку с шотландскими англофилами и поддержал заговор, или два различных заговора, о похищении или убийстве Битона. Из этого ничего не вышло, но в мае 1546 года кардинал Битонский был убит членами протестантской партии в своем собственном замке, отчасти в отмщение за казнь Джорджа Вишарта.
Тем не менее, жестокость Генриха не принесла ему никакой пользы. Вся Шотландия объединилась против него, а на его стороне остался только отчаянный гарнизон замка Св. Андрея, где во время Пасхи 1547 года скрывался Джон Нокс. Замок был хорошо укреплен, и пушечная стрельба шотландцев была неэффективна; а осаждающиие были вынуждены заключить перемирие; но после смерти Генриха в январе 1547 года англичане потеряли контроль над морем, и французский флот, имея умелых командоров, вскоре захватил крепость (июль).
Англичане оправились. Протектор Сомерсет в сентябре в 1547 года одержал полную победу в Пинки и обуздал Шотландию, удерживая устья рек Форс и Тай и основывая сильный пункт в Хадингтоне. Хотя успех был временным, правительство помешало разделенным советам Эдуарда VI использовать свое оружие, и единственным результатом их попыток стала сдача Шотландии в руки Франции.
В июне 1548 года французский флот появился в устье реки Форс, и хотя армия не торопилась добиваться военных успехов, она смогла одержать политическую победу. В июле маленькая королева, которую в течение нескольких дней после поражения в Пинке укрывали на острове Inchmahome, обручилась с дофином. В августе она села на французскую галеру в Думбартоне и, обогнув «сзади Ирландию», благополучно высадилась в городе Роскоф в Бретани. Оттуда её сразу же доставили к французскому двору, где Генрих II высоко ее оценил, называя Ренетой, своей маленькой королевой, и там она оставалась, получая образование вместе с членами королевской семьи до того, как вышла замуж за дофина в апреле 1558 года. Через пятнадцать месяцев смерть Генриха II на турнире сделала её королевой Франции, но она пользовалась этим званием только до декабря 1560 года, когда ее болезненный муж умер.
Во время ее отсутствия Шотландия стала похожей на французскую провинцию. Англия потерпела поражение во Франции, и в соответствии с Булоньским соглашением, заключенным в марте 1550 г., не только отказалась от завоеваний Генриха VIII в Пикардии, но и согласилась отозвать все свои отряды из Шотландии. После этого правительство Эдуарда VI, пытаясь не принимать в расчет возможное право наследования Марии Тюдор, способствовало союзу с Францией. У Франции были свои отношения с Шотландией, и когда Мария английская стала наследницей и вышла замуж за Филиппа испанского, она более чем когда-либо была обеспокоена тем, чтобы удержать в своих руках земли к северу от Твида. Мария Гиз была очень способным представителем, чтобы воспользоваться этой возможностью. Французам отдали важные функции; один получил большую королевскую печать, другой был назначен главой над Оркни; и финансы были отданы в руки французов. Парламент Парижа решил, что маленькая королева уже достигла 12-летнего возраста, хотя в действительности ей было только 11; и устроил, что ребенок сместил Аррана, к тому времени довольствовавшегося герцогством Шательгерольд от регентства; вместо него назначили Марию Гиз - «столь же красивое зрелище (если у людей есть глаза), как седло на непослушной корове», писал Джон Нокс. Французский посол д’Ойсел присоединился к шотландскому Тайному Совету, а вся политика Марии была направлена на защиту интересов Франции.
