Вселенская Церковь столкнулась с проблемой сект уже в первые десятилетия своего существования. Секты возникали параллельно с христианскими общинами, выдавая себя за «истинные церкви» и являясь соблазном как для нестойких в вере христиан, так и для их языческого окружения. С распространением гностицизма сектантство приобрело характер настоящей эпидемии и стало серьезной угрозой для молодой Церкви. Количество сект исчислялось сотнями, а численность их приверженцев едва ли не превышала число ортодоксальных христиан. Большинство сект возникало на Востоке Римской империи и в Северной Африке, однако, они быстро распространялись и на Западе. Рим был центром притяжения для проповедников всевозможных еретических учений, стремившихся найти поддержку у пап и тем самым добиться признания в христианском мире. Римский епископ был призван не только разобраться в ситуации и отвергнуть чуждые христианству учения, но и путем увещания вернуть в лоно Церкви отпавших. Опыт, приобретенный в этой области Западной Церковью за два тысячелетия ее существования, поистине трудно переоценить.
С провозглашением христианства официальной, а затем и единственной религией в империи (313 г.), сектантство во многом стало знаменем оппозиционных политических сил. Вследствие этого, оно было признано государственным преступлением и большую часть функций по борьбе с ересями и распространявшими их сектами приняло на себя государство. Однако за Церковью сохранялась пастырская и «идеологическая» функция. Она по-прежнему должна была заниматься переубеждением сектантов и ограждением христианского населения от влияния сект. Нередко епископы вынуждены были прибегать в борьбе с сектами и к административным мерам. На Западе это было особенно актуально из-за слабости политической власти.
В эпоху средневековья сектантство уже не было широко распространено в Европе. Древние секты к этому времени практически полностью исчезли, а новые возникали крайне редко. Исключением стали движения катаров или альбигойцев, основанные на все тех же гностических идеях, а также ряд сект, ставших носителями эгалитаристских идей (вальденсы, беггарды и др.). Однако и в этот период полемике с еретическими учениями и миссионерству среди сектантов уделялось большое внимание. Достаточно сказать, что обличением гностических идей занимался такой титан католического богословия как св. Фома Аквинат.
Миссионерской деятельностью среди сектантов активно занимались представители т. н. «нищенствующих» монашеских орденов, в частности, францисканцы и доминиканцы. Характерно, что первые общины доминиканского ордена были образованы именно из бывших еретиков. В результате проповеди странствующих монахов на Юге Франции и в Германии происходили обращения тысяч сектантов.
С 20-х годов XIII века в те районы, где ересь была наиболее распространена, Римский Престол начинает направлять особых церковных эмиссаров, получивших название инквизиторов (буквально «следователей»). В основном, это были университетские легисты и богословы, и их задача состояла в оказании помощи местному епископу в обращении еретиков и утверждении в вере колеблющихся. Позднее возглавлявшиеся ими комиссии стали постоянными учреждениями. В XVIII веке возникла легенда о «зверствах средневековой инквизиции», которая сегодня уже не воспринимается некоторыми историками всерьез. Впрочем, справедливости ради, стоит отметить, что злоупотребления в сфере борьбы с ересями порой действительно имели место, особенно в Испании в XVI веке, где инквизиция полностью контролировалась королевскими властями.
С возникновением Реформации лучшие миссионерские силы Католической Церкви были направлены на борьбу с протестантизмом. В то время различий между понятиями «еретик» и «сектант» не существовало. Все протестанты также считались сектантами и приравнивались к тем сектам, которые в своем учении совершенно отошли не только от традиции Церкви, но и от христианства как такового. Такое смешение отчасти объяснялось тем, что Реформация вызвала к жизни множество течений, возродивших уже забытые древние ереси: савеллианство, арианство и др.
В XVIII – первой половине XX века католическая апологетика носила преимущественно общий, недифференцированный характер, отражая наиболее частые обвинения, выдвигаемые против Церкви, от кого бы они не исходили. Критике учений тех или иных конкретных сект уделялось весьма мало внимания в сравнении с критикой уже хорошо известных протестантских идей. В то же время, распространение в Европе новых для того времени сект, таких как: Свидетели Иеговы, мормоны, саентисты и др., вызывает в католических странах первые попытки анализа и критики их доктрин и религиозных практик.
После Второго Ватиканского Собора (1962 – 1965 гг.), на котором Католическая Церковь провозгласила политику открытости и диалога с «отделенными братьями», апологетика как богословская наука и как сфера церковной деятельности отошла на второй план. В частности, в документах Собора ни слово «апологетика», ни слово «секта» не упоминается ни разу, а о подготовке священников сказано, что они должны владеть богословием «точно изложенным и не в полемическом преломлении»31.
На фоне широко развернувшейся в послесоборный период экуменической деятельности, антисектантская полемика также стала восприниматься многими католиками как проявление нетерпимости и «духовной агрессии». Это зачастую приводило к явным перегибам. Известны случаи, когда отдельные представители католического духовенства вступали в «экуменический» диалог с откровенно сектантскими организациями. Несмотря на сектантский бум в Европе и США в 1960-х – 1970-х годах, этой проблеме на общецерковном уровне практически не уделялось внимания. Антисектантской деятельностью продолжали заниматься лишь отдельные священники в своих приходах.
