Каталазная активность углеводородокисляющих бактерий 03. 02. 03 «Микробиология»

Вид материалаАвтореферат диссертации

Содержание


Научный руководитель
Официальные оппоненты
Ведущая организация
Содержание работы
Результаты исследования
Pseudomonas fluorescens
Pseudomonas fluorescens
Gordona terrae
P. alcaligenes
G. terrae и Acinetobacter sp
G. terrae
Список работ, опубликованных по теме
Каталазная активность
Подобный материал:



На правах рукописи



Гоголева Ольга Александровна


КАТАЛАЗНАЯ АКТИВНОСТЬ

УГЛЕВОДОРОДОКИСЛЯЮЩИХ БАКТЕРИЙ



03.02.03 – «Микробиология»






Автореферат диссертации на соискание ученой степени

кандидата биологических наук



Оренбург – 2012


Работа выполнена в Учреждении Российской академии наук Институте клеточного и внутриклеточного симбиоза Уральского отделения РАН


Научный руководитель:




доктор медицинских наук,

профессор


Немцева Наталия Вячеславовна


Официальные оппоненты:


доктор биологических наук, Заслуженный работник высшей школы РФ, профессор, зав. кафедрой биологии ГБОУ ВПО Оренбургской государственной медицинской академии Минздравсоцразвития России



Соловых Галина Николаевна


Кандидат биологических наук, зав. микробиологии ГБОУ ВПО Тюменской государственной медицинской академии Минздравсоцразвития России



Тимохина Татьяна Харитоновна





Ведущая организация

ГБОУ ВПО «Челябинская государственная медицинская академия» Минздравсоцразвития России


Предполагаемая дата защиты 16 февраля 2012 г. в часов на заседании диссертационного совета Д 208.066.03 при Оренбургской государственной медицинской академии в зале заседаний диссертационного совета по адресу: 460000, г. Оренбург, ул. Советская, 6.

Тел.: (3532) 77-59-95; факс: (3532) 77-24-59; e-mail: orgma@esoo.ru), официальный сайт: www.orgma.ru


С диссертацией можно ознакомиться в библиотеке ГБОУ ВПО Оренбургской государственной медицинской академии Минздравсоцразвития России.


Автореферат разослан « » 2012 г., автореферат и текст объявления размещен на официальном сайте ВАК Министерства образования и науки Российской Федерации.



Ученый секретарь диссертационного совета

доктор медицинских наук,

профессор




Немцева Наталия Вячеславовна
ВВЕДЕНИЕ

Актуальность работы. Проблема поиска микроорганизмов-деструкторов актуальна, поскольку загрязнение окружающей среды сырой нефтью и продуктами ее переработки носит глобальный характер. Самоочищение водоемов от нефтяного загрязнения – сложный, многоступенчатый процесс, включающий микробную трансформацию нефти и нефтепродуктов (Миронов О.Г., 2000; Куликова И.Ю., 2005; Жуков Д.В., Мурыгина В.П., Калюжный С.В. 2006; Buckley et al., 1976).

Основным источником углеводородокисляющих микроорганизмов являются пресноводные и морские экосистемы, как загрязненных, так и не загрязненных территорий (Израэль Ю.А., Цыбань А.В., 1989; Бердичевская М.М., 1991; Коронелли Т.В., 1994). В плане поиска активных деструкторов, наряду с исследованием биологических свойств монокультур и ассоциаций бактерий оценивается их способность к деструкции нефти и нефтепродуктов (Ившина И.Б., Бердичевская М.В., 1995; Куюкина М.С. и др., 1999; Звягинцева И.С. 2001; Плотникова Е.Г., 2001; Сопрунова О.Б., 2005; Atlas R.M. et al., 1992; Kaledine L., 1997).

В аэробных условиях разные группы микроорганизмов способны к биодеградации углеводородов, входящих в состав нефти. При этом важнейшим фактором окисления является достаточное количество кислорода, расход которого достигает 3300 г на 1л сырой нефти (Миронов О.Г., 2002; Перетрухин И.В. и др., 2006). Несмотря на то, что для каждого микроорганизма характерен свой специфический набор ферментов и особый путь окисления углеводородов, этот процесс катализируется системами оксигеназ и оксидаз (Готтшалк Г., 1982). Кроме того, в природной среде наряду с биоокислением протекают и процессы самоокисления нефти и нефтепродуктов, которые протекают по свободно-радикальному механизму и связаны с образованием пероксидов (Петров А.А., 1984; Мочалова О.С., Антонова Н.М., Гурвич Л.М., 2002; Rojo F., 2009). При этом окислительный стресс, спровоцированный действием внешних факторов и формированием кислородных радикалов, сопровождается сильными изменениями в метаболизме бактерий, что приводит с течением времени к гибели клетки (Современная микробиология ..., 2005; Белозерская Т.А., Гесслер Н.Н., 2006). Поэтому в процессе эволюции микроорганизмы выработали механизмы защиты, основанные на детоксикации активных форм кислорода с участием каталазы, пероксидазы и супероксиддисмутазы (Чеснокова Н.П., Понукалина Е.В., Бизенкова М.Н., 2006). Исходя из этого, реакция ферментных систем является важным показателем активности процесса нефтедеструкции.

Также известна реакция ферментных систем почв на нефтяное загрязнение. По данным Киреевой с соавторами (2001), наиболее чутко на загрязнение реагирует каталазная активность почв. Степень обогащенности почв ферментами зависит, в том числе, и от микробной составляющей, однако, данные о каталазной активности микроорганизмов, входящих в состав почвенного биоценоза отсутствуют. Недостаточно изучена роль ферментов окислительного стресса в процессе микробной деструкции нефти.

Все вышеизложенное определило цель и задачи данного исследования.

Цель работы. Определить значение каталазной активности углеводородокисляющих бактерий в процессе деструкции нефти и нефтепродуктов.

Основные задачи:
  1. Выделить углеводородокисляющие бактерии из микробных ассоциаций водоемов с различным уровнем антропогенной нагрузки и определить их видовой состав.
  2. Определить биологические свойства углеводородокисляющих бактерий выделенных из водоемов.
  3. В эксперименте оценить динамику каталазной активности чистых культур и ассоциаций углеводородокисляющих бактерий в процессе деструкции нефти и нефтепродуктов.
  4. Разработать способ отбора активных деструкторов нефти и нефтепродуктов.

Основные положения, выносимые на защиту:
  1. Каталазная активность способствует адаптации и выживанию бактерий, а также является индикатором их способности к биодеградации нефти и нефтепродуктов.
  2. Каталазная активность углеводородокисляющих микроорганизмов, обладая диапазоном реакции, чутко реагирует на изменение содержания нефти и нефтепродуктов в среде и может быть использована при поиске новых активных штаммов – деструкторов.

Научная новизна. В результате исследования изучена распространенность и видовой состав углеводородокисляющих бактерий в эвтрофных и мезотрофных водоемах в зависимости от сезонной динамики и антропогенной нагрузки на них. Определены доминирующие виды планктонных углеводородокисляющих бактерий. Показано, что значительную долю в общей численности углеводородокисляющих микроорганизмов эвтрофных озерных экосистемах занимали грампозитивные бактерии (включая группу нокардиоформных актиномицет, а также роды Bacillus, Micrococcus), тогда как в мезотрофных - грамотрицательные бактерии, представленные видами рода Pseudomonas. В реке Илек, испытывающей высокую антропогенную нагрузку, видовой состав верхнего и среднего течения представлен видами группы нокардиоформных актиномицет, тогда как в нижнем течении доминируют виды Pseudomonas и Alcaligenes.

Распространенность и выраженность каталазной активности зависела от таксономической принадлежности выделенных бактерий и антропогенной нагрузки испытываемой водоемами. В мезотрофных водоемах численно доминировали штаммы с более высокими значениями каталазной активности (более 4,6 усл.ед.), по сравнению с эвтрофными (от 3,1 до 4,5 усл.ед.). Наиболее высокие значения каталазной активности были отмечены среди грамнегативных штаммов рода Pseudomonas, а среди грампозитивных – у Xanthobacter sp.

На основании изучения биологических свойств показано, что доля углеводородокисляющих бактерий с уровнем антилизоцимной активности от 6 до 10 мкг/мл была ниже в мезотрофных водоемах и составила 20 %, по сравнению с эвтрофными (более 30%), свидетельствуя об их экологическом неблагополучии.

На модели альго-бактериальной ассоциации показано, что каталазная активность бактерий симбионтов способствовала их сохранению и выживанию.

Впервые выявлено изменение каталазной активности штаммов-деструкторов в процессе потребления углеводородов. Установлена тесная корреляционная связь между степенью снижения каталазной активности штамма-деструктора и эффективностью потребления нефти или нефтепродуктов. Разработан новый подход к отбору штаммов активных деструкторов нефти и нефтепродуктов (патент РФ № 2396340 (2010); патент РФ № 2426781 (2011)).

Теоретическая и практическая значимость. Получены новые сведения, имеющие теоретическое значение для понимания процессов биодеструкции углеводородов. Выявлено, что каталазная активность углеводородокисляющих бактерий является отражением интенсивности процесса деструкции нефти микроорганизмами.

Прикладным аспектом работы является использование разработанных подходов для выбора штаммов-деструкторов нефти и нефтепродукта. Изолированы из объектов внешней среды и поддерживаются в чистой культуре 40 штаммов углеводородокисляющих бактерий. Штамм Gordona terrae - активный деструктор нефти и нефтепродуктов, размещен во Всероссийской коллекции промышленных микроорганизмов ГосНИИ Генетики (ВКПМ, г. Москва) под номером Ас-174.

Апробация работы. Основные результаты исследования доложены и обсуждены на Международной конференции «Биоиндикация в мониторинге пресноводных экосистем» (Санкт-Петербург, 2006); IX Съезде Гидробиологического Общества при РАН (Тольятти, 2006); 2-ом Байкальском Микробиологическом симпозиуме с международным участием (Иркутск, 2007); X Съезде Гидробиологического общества при РАН (Владивосток, 2009); XI Всероссийской конференции «Персистенция микрорганизмов 2009» (Оренбург, 2009); Межрегиональной научной конференции «Актуальные проблемы современной микробиологии» (Оренбург, 2011); школе-конференции молодых ученых «Микробные симбиозы в природных и экспериментальных экосистемах» (Оренбург, 2011).

Инновационные разработки отмечены дипломами на Международном форуме по нанотехнологиям «Роснанотех» (Москва, 2010); Международном научно-промышленном форуме «Единая Россия» (Нижний Новгород, 2010); «Региональном молодежном инновационном конвенте» (г. Оренбург, 2011); золотой медалью Х Московского международного салона инноваций и инвестиций (г. Москва, 2010).

Публикации. По теме диссертации опубликовано 11 научных работ, в том числе 4 работы – в изданиях рекомендованных ВАК, получено 2 патента РФ на изобретение «Штамм Gordona terrae ВКПМ Ас-1741 для разложения нефти и нефтепродуктов» (№ 2396340, 2010) и «Способ выбора штаммов микроорганизмов-деструкторов нефти и нефтепродуктов» (№ 2426781, 2011).

Объем и структура диссертационной работы. Диссертация изложена на 138 страницах машинописного текста и включает введение, обзор литературы, главу по материалам и методам исследования, три главы собственных исследований, заключение, выводы, приложения. Библиографический указатель содержит 146 источников литературы, из них 114 отечественных и 32 зарубежных. Текст иллюстрирован 16 таблицами и 36 рисунками, включая оригинальные микрофотографии.

Связь работы с научными программами. Диссертационное исследование является фрагментом работы, проводимой в рамках научно-исследовательской темы открытого плана НИР ИКиВС УрО РАН «Механизмы взаимодействий симбионтов в природных ассоциациях водных микроорганизмов» (№ гос. регистрации 01.20.02 16537); Ассоциативный симбиоз водных микроорганизмов и его значение в санитарной и экологической практике (№ гос. регистрации 01201067428); Программы фундаментальных исследований Президиума РАН «Биоразнообразие» (проект № БР-9-040); Госконтракта № 9 (276/06-000874.1) с Комитетом по охране окружающей среды и природных ресурсов Оренбургской области «Экспериментальное изучение и обоснование использования факторов микробной персистенции в экологической практике».


СОДЕРЖАНИЕ РАБОТЫ




Объект и методы исследования. Материалом для исследования послужили углеводородокисляющие бактерии, выделенные из природных водоемов Оренбургской области, штаммы бактерий, выделенные из ассоциации с зеленой водорослью Chlamydomonas reinhardii Dang. (Институт микробиологии РАН, г. Москва), а также дериваты К12 Escherichia coli, различающиеся по наличию гена, кодирующего каталазную активность (штаммы Um 1 (Cat -, Lac-) и CSH 7 (Cat +, Lac-) из коллекции P. Loewen, любезно предоставленные д.б.н. О.Н. Октябрьским (Институт экологии и генетики микроорганизмов УрО РАН, г. Пермь). Были обследованы пойменные озера Беленовское и Рудничное Оренбургского района, Оренбургской области и река Илек на всем ее протяжении.

Пойменные водоемы характеризуются одинаковым происхождением, сходными морфометрическими и гидрохимическими показателями, но различаются интенсивностью антропогенной нагрузки. Озеро Рудничное не вовлечено в хозяйственную деятельность человека, тогда как на берегу озера Беленовское, располагаются два населенных пункта и фермерские хозяйства.

Река Илек испытывает сильную антропогенную нагрузку, воды реки относятся к 4 «а» классу качества. В верховьях Илека находится крупное Актюбинское водохранилище, ниже по течению реки располагаются различные по величине населенные пункты, в том числе г. Актюбинск, и крупные химические производства: Актюбинский завод хромовых соединений, завод ферросплавов, Актюбинская ТЭЦ.

Отбор планктонных проб воды проводили в течение 2004 – 2008 гг. Пробы бактериопланктона обрабатывали стандартно (Кузнецов С.И., Дубинина Г.А., 1989). Чистые культуры бактерий получали бактериологическим методом с использованием элективных сред. Идентификацию выделенных микроорганизмов проводили на основании морфологических, тинкториальных, культуральных и биохимических свойств (Определитель бактерий Берджи..., 1997), а также согласно определителю нетривиальных патогенных грамотрицательных бактерий (Weyant R.S. et al., 1996) и руководству Нестеренко с соавт. (1985). Определение типа клеточной стенки проводили в лаборатории химического мутагенеза Института экологии и генетики микроорганизмов УрО РАН (г. Пермь, зав. лабораторией член-корр. РАН, д.м.н. Демаков В.А.) стандартными методами (Звягинцев Д.Т., 1991).

Лизоцимную и антилизоцимную активность микроорганизмов определяли чашечным методом (Бухарин О.В., 1984). Содержание перекиси водорода при деструкции углеводородов нефти оценивали в реакции хемилюминесценции по методу Хайруллина Р.М., Ахметовой И.Э. (2001) на кафедре фармацевтической и общей химии ГБОУ ВПО Оренбургской государственной медицинской академии (г. Оренбург, зав. кафедрой д.м.н., профессор Красиков С.И.). Каталазную активность бактерий определяли качественным и количественным методами (Вейант Р. и др.,1999; Бухарин О.В. и др., 2000). Полноту потребления нефти или нефтепродуктов определяли флуориметрическим методом на анализаторе жидкости «Флюорат-02»в аккредитованной лаборатории испытательного центра ФГУЗ «Центр гигиены и эпидемиологии в Оренбургской области», г. Оренбург.

Результаты экспериментальных исследований были подвергнуты статистической обработке с помощью пакета программ Statistika 6,0, а также процессора электронных таблиц “Microsoft Excel 2003” for Windows XP.

РЕЗУЛЬТАТЫ ИССЛЕДОВАНИЯ


Определение биологического разнообразия углеводородокисляющих бактерий в озерах Беленовское, Рудничное и в реке Илек проводилось впервые и ограничивалось планктонным сообществом.

При оценке биологического разнообразия и свойств углеводородокисляющих бактерий учитывались следующие характеристики и свойства:
  • видовой состав углеводородокисляющего бактериопланктона;
  • численность углеводородокисляющих бактерий;
  • виды доминирующие по численности;
  • биологические свойства выделенных штаммов;


Видовая структура и биологические свойства углеводородокисляющего бактериопланктона природных водоемов


В бактериопланктоне изученных водоемов за период исследования обнаружено 34 вида углеводородокисляющих бактерий, которые были представлены грампозитивными бактериями (группа ноокардиоформных актиномицет и виды родов Bacillus, Micrococcus, Xanthobacter) и грамнегативными бактериями (роды Pseudomonas, Pantoea, Acinetobacter, Enterobacter). В озерном углеводородокисляющем бактериопланктоне доминировали грамнегативные виды, представленные в основном родом Pseudomonas. Большую долю в общей численности углеводородокисляющего сообщества озера Беленовское занимали грампозитивные бактерии, их доля составляла 30%, тогда как в озере Рудничное доля этих бактерий была не более 5%.

Из озера Беленовское было выделено 9 штаммов углеводородокисляющих бактерий, представленных видами Pseudomonas fluorescens (штаммы № 2013, 2013/1), Pseudomonas putida (штамм № 2015), Pseudomonas sp. (штамм № 2011), Pantoea agglomerans (штамм № 2012), Acinetobacter sp. (штамм № 2014), Bacillus sp. (штамм № 1013), Micrococcus sp. (штамм № 1011) и один изолят был отнесен к группе нокардиоформных актиномицет (штамм № 1012).

Из озера Рудничное было выделено 8 штаммов углеводородокисляющих бактерий представленных видами Pseudomonas fluorescens (штамм № 2051), Pseudomonas putida (штаммы № 2052, 2023), Pseudomonas aeruginosa (штаммы № 2025, 2053), Pseudomonas sp. (штамм № 2024), Enterobacter sp. (штамм № 2022), Xanthobacter sp. (штамм № 1021).

Распространенность каталазной активности среди исследуемых изолятов составила 100%. В углеводородокисляющем бактериопланктоне озера Беленовское доминировали штаммы со значениями каталазной активности от 3,1 до 4,5 усл. ед. (рис. 1). В углеводородокисляющем бактериопланктоне озера Рудничное доминировали штаммы со значениями каталазной активности более 4,6 усл.ед., второе место по численности занимали штаммы со значениями признака от 3,1 до 4,5 усл. ед. Доля штаммов с более низкими значениями исследуемого признака (менее 3,0 усл. ед.) была незначительна (рис. 2).



Рис. 1 - Распределение бактерий в зависимости от выраженности каталазной активности (озеро Беленовское).

Рис. 2 - Распределение бактерий в зависимости от выраженности каталазной активности (озеро Рудничное).


Доля штаммов обладающих антилизоцимной активностью от 5 до 10 мкг/мл в озере Беленовское была выше и составила - 33,3%, тогда как в озере Рудничное - 25% .

Видовое разнообразие и численность углеводородокисляющих бактерий в озерах было подвержено сезонной динамике. Наибольшее видовое разнообразие в углеводородокисляющем сообществе озер было отмечено в осенний период. В озере Беленовское в этот период численно доминировали микроорганизмы из группы нокардиоформных актиномицет, а также P. fluorescens, а в в озере Рудничное - Enterobacter sp. (штамм № 2022) и P. aeruginosa (штамм № 2053). Высокая численность углеводородокисляющих бактерий в осенний период связана с тем, что к осени в водоеме происходит накопление органических веществ, в том числе и высокомолекулярных соединений, что стимулирует развитие данной группы бактерий.

Наиболее показательным периодом, свидетельствующим о загрязнении водоема нефтью и нефтепродуктами, является зима. В это время года углеводородокисляющие бактерии выделяли только из бактериоплантктона озера Беленовское. По данным ряда авторов, присутствие углеводородокисляющих бактерий в зимний период характерно для эвтрофированных водоемов, тогда как в олиготрофных экосистемах данная группа бактерий в зимний период отсутствует, либо ее численность не значительна. Так же высокая численность углеводородокисляющих бактерий косвенно свидетельствует о присутствии углеводородов в экосистеме зимой (Миронов О.Г. и др., 1985; Atlas R.M. et al., 1978).

Углеводородокисляющий бактериопланктон реки Илек был представлен как грамнегативными, так и грампозитивными микроорганизмами. Грамнегативные бактерии были представлены видами родов Pseudomonas и Alcaligenes: P. putida № 2377, P. fluorescens № 2131, A. piechaudii, P. putida № 2374, P. fluorescens № 2271, P. putida № 2378, P. fluorescens № 2132, Alcaligenes sp. № 2273, Alcaligenes sp. № 2376.

Грампозитивные штаммы относились к группе нокардиоформных актиномицет (штаммы № 1131, 1132, 1133, 1134, 1135, 1375, 1374/1, 1274).

Наибольшую численность углеводородокисляющих бактерий регистрировали в верхнем и среднем течении р. Илек (станции 1, 6, 7, 8). Здесь в углеводородокисляющем бактериопланктоне доминировали микроорганизмы относящиеся к группе ноокардиоформных актиномицет. В нижнем течении численность углеводородокисляющих бактерий была значительно ниже, здесь доминировали грамнегативные изоляты представленные видами родов Pseudomonas и Alcaligenes.

Высокая численность углеводородокисляющих бактерий, особенно видов группы ноокардиоформных актиномицет, в верхнем и среднем течении реки Илек свидетельствует о загрязнении нефтепродуктами (Коронелли Т.В., 1996а; Миронов О.Г., 1972; Рубцова С.И., 2002).

Распространенность каталазной активности у микроорганизмов из углеводородокисляющего бактериопланктона реки Илек, составила 100%. Доля углеводородокисляющих микроорганизмов с каталазной активностью в диапазоне от 3,1 до 4,5 усл.ед. верхнем и среднем течении р. Илек составила более 80 %, тогда как в нижнем течении их доля была менее 50% и увеличилось количество изолятов с большими (≥ 4,6 усл. ед.) и меньшими значениями каталазной активности (≤ 3,0 усл. ед.).

В верхнем и среднем течении численно доминировали углеводородокисляющие микроорганизмы с каталазной активностью в диапазоне от 3,1 до 4,5 усл.ед., тогда как в нижнем течении доля этих бактерий была менее 50%, одновременно увеличилась доля изолятов с большими и меньшими значениями каталазной активности (рис. 3, 4).



Рис. 3 - Распределение бактерий в верхнем и среднем течении р. Илек, в зависимости от выраженности каталазной активности

Рис. 4 - Распределение бактерий в нижнем течении р. Илек, в зависимости от выраженности каталазной активности


Среди выделенных грамнегативных микроорганизмов большинство обладали антилизоцимной активностью. Диапазон антилизоцимного признака у выделенных бактерий колебался от 2 до 10 мкг/мл. В углеводородокисляющем сообществе р. Илек доля бактерий со значениями признака от 5 до 10 мкг/мл составляла более 30%.

Таким образом, эвтрофные водоемы характеризовались высокой численностью, высоким видовым богатством, присутствием бактерий группы нокардиоформных актиномицет. В углеводородокисляющем бактериопланктоне таких водоемов доминировали бактерии со значениями каталазной активности от 3,1 до 4,5 усл.ед., а также присутствовала значительная доля бактерий с высокой антилизоцимной активностью.

В процессе лабораторных исследований из альго-бактериальной ассоциации были выделены углеводородокисляющие микроорганизмы, идентифицированные на основании морфологии, биохимимических свойств и химического состава клеточной стенки как Rhodococcus rubropertinctus (штаммы Б, Ж), Bacillus sp. (штамм Р) и Micrococcus roseus (штамм Р2). Бактерии-симбионты вида Rhodococcus rubropertinctus (штаммы Б, Ж) были способны потреблять нефть и нефтепродукты в качестве единственного источника углерода и энергии. Самая высокая каталазная активность (3,96±0,18 и 3,45±0,06 усл. ед.) отмечалась у штаммов R. rubropertinctus (Б и Ж), тогда как у Bacillus sp. (Р) она была самой низкой среди всех бактерий-симбионтов. В опыте по сокультивированию зеленой водоросли Chlamydomonas reinhardtii с ее бактериями-симбионтами1 выявлено рост-стимулирующее действие штаммов с высоким уровнем каталазной активности (R. rubropertinctus). Стимулирующее влияние бактерий-симбионтов выражалось в увеличении скорости роста и более длительном сохранении культуры водоросли. Полученные данные свидетельствуют, что каталазную активность микроорганизмов можно рассматривать в качестве одного из факторов, обеспечивающих выживание бактерий в ассоциации с водорослью. Это продтверждено в эксперименте по лабораторному сокультивированию хлорококковой водоросли Coelastrum microporum с дериватами от К12 Escherichia coli, различающиеся по наличию гена, кодирующего каталазную активность (штаммы Um 1 (Cat -, Lac-) и CSH 7 (Cat +, Lac-), проведенные совместно с Игнатенко М.Е.

В ассоциации с водорослью каталазоположительный штамм E. coli (Cat+) имел более высокую численность и более длительное время сохранялся в ассоциации, по сравнению с каталазоотрицательным штаммом E. coli (Cat).

В результате удалось установить, что в в природных ассоциациях условиях антибактериального влияния пероксида водорода водорослей каталазная активность бактерий-ассоциантов является одним из факторов выживания микроорганизмов.


Каталазная активность углеводородокисляющих бактерий в условиях потребления нефти и нефтепродуктов


На следующем этапе работы была предпринята попытка оценить значение каталазной активности углеводородокисляющих бактерий при потреблении нефти и нефтепродуктов.

Исследование проводили на примере как чистых культур углеводородокисляющих бактерий Gordona terrae ИКВС № 19, Rhodococcus rubropertinctus ИКВС № 15, Rhodococcus erythropolis ИКВС № 11, Acinetobacter sp. ИКВС № 2122, Pseudomonas alcaligenes ИКВС № 20121, так и ассоциации Gordona terrae ИКВС № 19 с Acinetobacter sp. ИКВС № 2122.

На начальном этапе оценили динамику содержания пероксидов в среде в зависимости от интенсивности потребления нефтепродуктов (дизельного топлива) бактериями. В присутствии R. еrythropolis, не использующего нефтепродукт в качестве источника углерода и энергии, регистрировали более высокое содержание пероксидов и их более длительное нахождение в среде. Напротив, в присутствии активного деструктора нефтепродукта G. terrae содержание пероксидов в среде было меньше.

Таким образом, интенсивность образования пероксидов зависела от способности углеводородокисляющих бактерий потреблять нефтепродукты. (рис. 5).

Первоначальная концентрация дизельного топлива в эксперименте составляла 610±0,5 мг/дм3, что соответствовало 100% содержанию нефтепродукта в исходной среде. Среди грампозитивных штаммов максимальное потребление дизельного топлива отмечено у штамма G. terrae (содержание нефтепродукта в среде к шестым суткам составило 4,4±1,83%) и у штамма R. rubropertinctus (содержание дизельного топлива в среде к двадцать третьим суткам составило 62±4,13%). Штамм R. erythropolis не использовал дизельное топливо в качестве источника углерода (рис. 6).



Рис. 5 – Содержание пероксидов в среде в зависимости от интенсивности потребления нефтепродукта.



Рис. 6 – Динамика потребления нефтепродукта грампозитивными микроорганизмами.


В эксперименте с грамнегативными штаммами максимальное потребление нефтепродукта было отмечено у штамма Acinetobacter sp. (к шестым суткам содержание нефтепродукта в среде снизилось до 64,1±1,28%). Минимальное содержание дизельного топлива при росте этого штамма зафиксировано на 28 сутки – 29,5±1,87%. В эксперименте со штаммом P. alcaligenes динамика потребления нефтепродукта в среде была иной, минимальное содержание дизельного топлива отмечено на 35 сутки – 81,9±0,5% (рис. 7).



Рис. 7 – Динамика потребления нефтепродукта грамнегативными микроорганизмами.


Потребление нефтепродукта сопровождалось увеличением численности исследуемых микроорганизмов.

Далее нами была определена динамика каталазной активности штаммов в процессе деструкции дизельного топлива. Максимальное снижение каталазной активности было отмечено у штамма G. terrae - на 50,1±5,36% к 12 суткам, у штамма R. rubropertinctus - на 36,8±7,58% к 23 суткам. У R. erythropolis зарегистрировано незначительное снижение каталазной активности к 35 суткам эксперимента, вероятно, связанное с отмиранием бактериальной массы (рис. 8).

В эксперименте с грамотрицательными штаммами максимальное снижение каталазной активности наблюдали у P. alcaligenes к 6 суткам на 20±0,38% , тогда как у Acinetobacter sp. к 28 суткам на 45±0,32% (рис. 9).

Далее перешли к эксперименту с ассоциацией G. terrae + Acinetobacter sp. , контролем служили монокультуры G. terrae и Acinetobacter sp. Отмечено, что интенсивнее нефть Сорочинского месторождения потреблялась G. terrae , как в монокультуре, так и в ассоциации с Acinetobacter sp. Остаточное содержание углеводородов к 35 суткам в эксперименте с монокультурой G. terrae составило 29,9±2,6%, в ассоциации G. terrae + Acinetobacter sp – 30,8±2,9%.

При росте на нефти Сорочинского месторождения снижение каталазной активности микроорганизмов в ассоциации G. terrae + Acinetobacter sp. происходило более интенсивно, чем в экспериментах с их монокультурами. У Acinetobacter sp. в ассоциации с G. terrae выявлено более интенсивное снижение каталазной активности на 28,1±2,3%, тогда как в монокультуре - лишь на 19,2±3,98%.



Рис. 8 – Динамика каталазной активности при потреблении нефтепродукта грампозитивными микроорганизмами.



Рис. 9 – Динамика каталазной активности при потреблении нефтепродукта грамнегативными микроорганизмами.


Максимальное снижение каталазной активности у Acinetobacter sp. наблюдали на 12 сутки, как в контроле (на 30±2,76%) так и в опыте (на 32,3±3,4%) (рис. 10). У G. terrae разницу между снижением каталазной активности в опыте и в контроле наблюдали через 12 суток. Каталазная активность G. terrae в ассоциации с Acinetobacter sp. начала увеличивалась через 12 суток, тогда как в монокультуре она продолжала снижаться. Следует отметить, что максимальное снижение каталазной активности у штамма G. terrae регистрировали на 12 сутки как в контроле (на 41±3,67%), так и в опыте (на 38,9±2,9%).

Полученные результаты по сокультивированию углеводородокисляющих бактерий Acinetobacter sp. + G. terrae на нефти показали, что при совместном ее потреблении в первые двенадцать суток доминировал грамнегативный штамм Acinetobacter sp., тогда как грампозитивный штамм G. terrae преобладал после 12 суток. Наблюдаемое явление, вероятно, связано с разной стратегией потребления углеводородов этими микроорганизмами.



Рис. 10 – Динамика численности и каталазной активности углеводородокисляющих штаммов при их сокультивировании на нефти Сорочинского месторождения.


Известно, что особенности строения клеточной стенки G. terrae, характерные для группы нокардиформных бактерий, обеспечивают поглощение углеводородов путем пассивной диффузии и их окисление начинается после полного пропитывания ими клеточной стенки этих бактерий. Грамнегативные бактерии Acinetobacter sp. не имеют толстой гидрофобной клеточной стенки подобно G. terrae, поэтому углеводороды не способны проникать через этот барьер, в результате эти микроорганизмы используют другую стратегию. Известно, что они выделяют во внешнюю среду биоэмульгатор, для снижения гидрофобности углеводородов, способствуя их солюбилизации (Коронелли Т.В., 1996; Кураков А.В. и др., 2006; Hisatsuka K. and el., 1977). Возможно, поэтому в эксперименте на первом этапе деструкции углеводородов доминировал штамм Acinetobacter sp., а преобладание G. terae нарастало позднее. Представленные данные согласуются с результатами исследований углеводородокисляющего сообщества Можайского водохранилища, полученными Ильинским В.В. с соавторами (1998).

Таким образом, у углеводородокисляющих штаммов в ходе эксперимента наблюдали увеличение численности и снижение их каталазной активности, тогда как у бактерий, не окисляющих углеводороды, подобной динамики не выявлено. Учитывая, известный феномен быстрой инактивации ферментов в условиях окислительного стресса, описанный рядом авторов (Кения М.В., Лукаш А.И., Гуськов Е.П.,1993; Чеснокова Н.П., Понукалина Е.В., Бизенкова М.Н., 2006), можно предположить, что для повторного накопления фермента требуется значительный промежуток времени, в течение которого защита бактериальной клетки с помощью каталазы становиться менее эффективной, что свидетельствует о наличии у микроорганизмов альтернативных механизмов клеточной защиты от активных форм кислорода. Подобные механизмы известны и связаны с продукцией неферментных антиоксидантов (трегалозы, гликогена, миколатов трегалозы) (Феофилова Е.П., 1992).

В наших исследованиях удалось обнаружить эффект снижения каталазной активности углеводородокисляющих бактерий в процессе нефтедеструкции, что позволяет предположить наличие эффективной защиты от активных форм кислорода, связанной с продукцией неферментных антиоксидантов, позволяющих бактериям сохранить энергию, не расходуя ее на синтез ферментов, в частности каталазы.


Прикладные аспекты использования

углеводородокисляющих бактерий


В результате проведенных исследований была установлена прямая зависимость между уровнем каталазной активности бактерий-деструкторов и содержанием нефти или нефтепродукта в субстрате, что явилось основой для разработки новых подходов поиска штаммов деструкторов нефти и нефтепродуктов. В результате был разработан «Способ выбора штаммов микроорганизмов-деструкторов нефти и нефтепродуктов», в основу которого положена способность бактерий снижать каталазную активность при потреблении углеводородов. К активным деструкторам нефти и нефтепродуктов предложено относить бактерии, каталазная активность которых в течение первых 6-12 суток культивирования снизилась на 30% и более (Патент РФ № 2426781, 2011).

Продуктом инновации является новый штамм углеводородокисляющих бактерий Gordona terrae ВКПМ Ас-1741, пригодный для высокоэффективной очистки загрязненных объектов внешней среды от нефти и нефтепродуктов. Его эффективность потребления нефти и нефтепродуктов составляет от 50% до 90%, в зависимости от вида углеводородов. Штамм размещен во Всероссийской коллекции промышленных микроорганизмов с присвоением ему номера ВКПМ Ас-174. На штамм Gordona terrae ВКПМ Ас-1741 для разложения нефти и нефтепродуктов получен патент РФ № 239640 (2010).

Оценивая результаты работы, в целом, можно выделить два основных момента:
  • Каталазная активность углеводородокисляющих бактерий является индикатором их способности к биодеградации нефти и нефтепродуктов, а также способствует их адаптации и выживанию в природной среде.
  • Обладая диапазоном реакции, каталазная активность углеводородокисляющих микроорганизмов чутко реагирует на изменение содержания нефти и нефтепродуктов в среде и может быть использована при поиске новых активных штаммов – деструкторов.


ВЫВОДЫ
  1. В эвтрофных лентических водоемах выявлено высокое видовое разнообразие и численность углеводородокисляющих бактерий. Значительную долю в общей численности углеводородокисляющего бактериопланктона эвтрофных водоемов занимали грампозитивные бактерии (включая группу нокардиоформных актиномицет, а также роды Bacillus, Micrococcus), тогда как в мезотрофных - грамотрицательные бактерии, представленные микроорганизмами рода Pseudomonas.
  2. Установлено, что видовое разнообразие и численность углеводородокисляющих бактерий изменяются в зависимости от сезона года, достигая максимума в осенний период, что является отражением накопления в водоеме органических веществ, включая высокомолекулярные соединения.
  3. Выявленная в реке Илек в верхнем и среднем течении высокая численность углеводородокисляющих бактерий с доминированием группы нокардиоформных актиномицет свидетельствует о поступлении в водоем нефтепродуктов.
  4. Доля углеводородокисляющих бактерий с уровнем антилизоцимной активности от 6 до 10 мкг/мл была выше в эвтрофных водоемах и составила (более 30%), свидетельствуя об их экологическом неблагополучии, по сравнению с мезотрофными (20%).
  5. В углеводородокисляющем бактериопланктоне эвтрофных водоемов, принимающим участие в разложении высокомолекулярных соединений, как автохтонного, так и аллохтонного происхождения, доминировали микроорганизмы с каталазной активностью в диапазоне от 3,1 до 4,5 усл.ед.
  6. Из альго-бактериальной ассоциации Chlamydomonas reinhardtii Dang. были выделены бактерии-симбионты, обладающие каталазной активностью, оказывающие разнонаправленное воздействие на развитие водорослевых клеток. Показано, что каталазная активность симбионтов способствовала их сохранению и выживанию в природных ассоциациях.
  7. Экспериментально установлена прямая зависимость между каталазной активностью углеводородокисляющих бактерий и концентрацией нефти или нефтепродукта. Установлено, что потребление углеводородов сопровождалось снижением каталазной активности и увеличением численности штамма-деструктора.
  8. Каталазная активность отражает интенсивность процесса микробной деструкции, что позволяет предложить ее использование в качестве индикатора при отборе эффективных штаммов-деструкторов нефти и нефтепродуктов. На основе предложенного подхода разработан «Способ выбора штаммов микроорганизмов-деструкторов нефти и нефтепродуктов» (Патент РФ № 2426781 от 20.08.2011).
  9. Выделен новый штамм углеводородокисляющих бактерий Gordona terrae ВКПМ Ас-1741, пригодный для высокоэффективной очистки загрязненных объектов среды от нефти и нефтепродуктов (Патент РФ № 2396340 от 10.08.2010). Эффективность очистки достигает от 70% до 90% в зависимости от вида углеводородов.


СПИСОК РАБОТ, ОПУБЛИКОВАННЫХ ПО ТЕМЕ

ДИССЕРТАЦИИ
  1. Гоголева О.А. Динамика каталазной активности углеводородокисляющих бактерий в условиях воздействия нефтепродуктов / Материалы IX Съезда Гидробиологического Общества РАН. Тольятти. 2006. с. 105
  2. Гоголева О.А., Комлева Е.Б., Немцева Н.В., Яценко-Степанова Т.Н. Каталазная активность как биомаркер. / Сборник тезисов докладов Международной конференции «Биоиндикация в мониторинге пресноводных экосистем». Санкт-Петербург. 2006. с.37-38.
  3. Гоголева О.А., Немцева Н.В. Динамика каталазной активности углеводородокисляющих бактерий в процессе деструкции дизельного топлива. / Микроорганизмы в системе рек, озер, водохранилищ. Материалы 2-го Байкальского Микробиологического симпозиума с международным участием. Иркутск. 2007. с. 53.
  4. Николаев Ю.А., Плакунов В.К., Воронина Н.А., Немцева Н.В., Плотников А.О., Гоголева О.А., Муравьева М.Е., Овечкина Г.В. В. Влияние бактерий-спутников на рост Chlamydomonas reinhardtii в их сообществе. // Микробиология. №2. 2008. с.89-95.
  5. Гоголева О.А. Характеристика нового штамма Gordona terrae эффективно утилизирующего углеводороды. // Вестник ОГУ. №2. 2009. с. 124
  6. Немцева Н.В., Игнатенко М.Е., Селиванова Е.А., Гоголева О.А., Яценко-Степанова Т.Н., Плотников А.О. Регуляция симбиотических взаимодействий в альго-бактериальных ассоциациях. // ЖМЭИ. 2009. №4. с 62-65.
  7. Гоголева О.А., Немцева Н.В. Биоиндикация процесса микробной деструкции нефти и нефтепродуктов. Отбор микроорганизмов-деструкторов. / X Съезд Гидробиологического общества при РАН. Владивосток. 2009. С.196.
  8. Игнатенко М.Е., Гоголева О.А., Яценко-Степанова Т.Н., Немцева Н.В. Роль каталазы бактерий в формировании ассоциативных симбиотических связей с водорослями. / X Съезд Гидробиологического общества при РАН. Владивосток. 2009. с.166.
  9. Штамм Gordona terrae ВКПМ Ас-1741 для разложения нефти и нефтепродуктов / Бухарин О.В, Немцева Н.В., Гоголева О.А. // Патент на изобретение № 2396340 от 10.08.2010. Бюл. № 22. 2010.
  10. Способ выбора штаммов микроорганизмов-деструкторов нефти и нефтепродуктов / Немцева Н.В., Гоголева О.А., Бухарин О.В. // Патент на изобретение № 2426781 от 20.08.2011. Бюл. №23. 2011.
  11. Гоголева О.А. Углеводородокисляющий бактериоценоз пойменных озер // Вестник ОГУ. № 4. 2011. с. 31-33.
  12. Гоголева О.А., Немцева Н.В. Каталазная активность микроорганизмов как индикатор деструкции нефти и нефтепродуктов // Сборник тезисов докладов II Международной конференции «Биоиндикация в мониторинге пресноводных экосистем». Санкт-Петербург. 2011. с. 51.



Благодарности

Автор выражает глубокую признательность к.б.н. Н.В. Шараповой и д.м.н. С.И. Красикову (Оренбургская государственная медицинская академия, кафедра медицинской и фармацевтической химии); Н.М. Амерзяновой (ФГУЗ «Центр гигиены и эпидемиологии в Оренбургской области») за помощь при выполнении отдельных фрагментов работы, а также всем сотрудникам Института клеточного и внутриклеточного симбиоза УрО РАН, оказавшим моральную и техническую поддержку в процессе диссертационного исследования.



Гоголева Ольга Александровна

КАТАЛАЗНАЯ АКТИВНОСТЬ

УГЛЕВОДОРОДОКИСЛЯЮЩИХ БАКТЕРИЙ


Автореферат

диссертации на соискание ученой степени

кандидата биологических наук

____________________________________________________________

Оригинал макет подготовлен в программе Word for Windows 2003.

Подписано в печать ….12.2011 г. Формат 60×84 1/16

Усл. печ. л. 1,0. Печать оперативная, гарнитура Таймс. Тираж 100 экз.






1 автор выражает благодарность д.б.н. Николаеву Ю.А. (Институт микробиологии РАН им. С.Н. Виноградского, г. Москва) за помощь в работе