К системе налоговых органов, понимаемых в широком смысле, относятся и таможенные органы. По определению таможенный орган — это орган исполнительной власти, являющийся по своему характеру правоохранительным органом, выполняющим задачи в области таможенного дела и налогообложения. В начале 1998 года в республике принят Таможенный кодекс, установивший правовой статус, цели, задачи, функции и полномочия Государственного таможенного комитета и региональных таможенных органов. Одной из главных функций таможенных органов является взимание таможенных пошлин и сборов, а также налога на добавленную стоимость и акцизов по товарам, перемещаемым через таможенную границу Республики Беларусь.

Таможенные органы в налоговой сфере наделены специальными полномочиями, в частности, по взиманию налогов и таможенных пошлин. Уплата налоговых платежей и таможенных пошлин, как правило, предшествует таможенному оформлению. Неуплаченные налоги и таможенные пошлины взыскиваются таможенными органами в бесспорном порядке. В своей работе в области налогов таможенные органы тесно взаимодействуют с налоговыми инспекциями и другими органами, осуществляющими контрольные и правоохранительные функции.