Книги по разным темам Pages:     | 1 | 2 | 3 | 4 | 5 |   ...   | 6 |

11,20

Pseudomonas M27

13,1

0,108

51,0

9,40

Pseudomonas roseus

13,1

0,15

51,0

10,60

Другими перспективными источниками изотопномеченых аминокислот и белков признаны метилотрофные микроорганизмы, которые в таксономическом аспекте представлены грамположительными, грамотрицательными бактериями и дрожжами, интерес к которым в настоящее время все возрастает благодаря разработке новых технологий химического синтеза метанола [102]. Эти бактерии привлекают внимание исследователей прежде всего как дешевые источники микробного белка и аминокислот [103, 104]. Знание путей бактериального метаболизма позволяет осуществлять направленное введение изотопной метки в молекулы аминокислот. Как известно, метилотрофные бактерии окисляют метанол с использованием фермента - метанолдегидрогеназы, последующие окислительные реакции катализируют формальдегид- и формиатдегидрогеназа [105-108]. Лишь затем продукт окисления метанола в виде формальдегида фиксируется клеткой одним из двух путей ассимиляции углерода: рибулозо-5-монофосфатным и сериновым [109, 110]. Основные параметры роста некоторых используемых в биотехнологии штаммов метилотрофных бактерий представлены в таблице 1.

Ауксотрофные штаммы метилотрофных бактерий начали эффективно использовать для получения [2H]- и [13C]аминокислот. Для этих целей перспективно осуществлять биологическую конверсию дешёвых низкомолекулярных меченых субстратов - (13С)метанола, (2Н)метанола и 2Н2O в дорогостоящие меченые БАС в клетках метилотрофов [111-113]. Традиционным подходом при этом остаётся выращивание соответствующих штаммов-продуцентов аминокислот, устойчивых к росту на средах, содержащих стабильные изотопы водорода, углерода, азота и др. В работах [114, 115] сообщается о получении [13C]аминокислот (уровни включения стабильных изотопов в молекулах варьируют от 30% для L-[13C]лейцина до 90% для L-[13C]фенилаланина) за счёт использования ауксотрофных по L-изолейцину бактерий Methylobacillus flagellatum.

Заслуживает упоминания то, что (13С)метанол в отличие от 2Н2О не оказывает существенного биостатического эффекта на ростовые и биосинтетические характеристики метилотрофов [116], поэтому данный подход можно эффективно использовать для введения в молекулы синтезируемых БАС двойной изотопной метки (например, введение изотопа 13С в молекулы на фоне максимальных концентраций 2Н2О в ростовых средах). В работе [117] были получены [2H]- и [13С]аминокислоты с разными уровнями изотопной обогащённости при росте ауксотрофного по L-лейцину штамма факультативных метилотрофных бактерий Brevibacterium methylicum и ауксотрофного по L-изолейцину штамма облигатных метилотрофных бактерий Methylobacillus flagellatum на минимальных средах с (13С)метанолом, (2Н)метанолом и 2Н2О. [13C]- и [2Н]аминокислоты разного уровня изотопной замещённости выделяли как из культуральных жидкостей, полученных после выращивания бактерий на средах с соответствующими изотопномечеными субстратами, так из гидролизатов белков биомассы. Биосинтетически полученные [2H]- и [13С]аминокислоты представляли собой смеси, в которых присутствовали изотопнозамещённые формы молекул, различающиеся количеством атомов водорода и углерода, замещённых на 2Н и 13С. При этом распределение зависело как от общего включения изотопа в молекулу, так и от способа их получения. Данные по суммарным уровням включения стабильных изотопов в молекулы секретируемых аминокислот и аминокислотные остатки суммарных белков биомассы B. methylicum и M. flagellatum представлены в таблице 2. Эти исследования показали, что в условиях ауксотрофности по лейцину уровень изотопного обогащения лейцина, а также метаболически связанных с ним аминокислот немного ниже, чем для других аминокислот, вероятно, за счёт сохранения минорных путей метаболизма, связанных с биосинтезом данных аминокислот de novo. Так, при выращивании B. methylicum на среде, содержащей 98% 2Н2О и немеченый L-лейцин, уровни включения дейтерия в индивидуальные аминокислоты культуральной жидкости составили 51% для лейцина/изолейцина, 58,8% для валина, в то время как уровни изотопного включения для аланина составили 77,5%, для фенилаланина -75% (табл. 2).

Табл. 2

Суммарные уровни включения стабильных изотопов в молекулы секретируемых аминокислот и аминокислотные остатки суммарных белков биомассы B. methylicum* и M. flagellatum**.

Аминокислоты	Концентрация 2Н2О в ростовой среде, об% 24,5 49,0 73,5 98,0 КЖ# белок КЖ белок КЖ белок КЖ белок				1 %13СН3ОН КЖ белок
Глицин	- 15,0	- 35,0	- 50,0	- 90,0	60,0 90,0
Aланин	24,0 20,0	37,5 45,0	62,5 62,5	77,5 97,5	35,0 95,0
Валин	20,0 15,0	46,3 36,3	43,8 50,0	58,8 50,0	50,0 50,0
ейцин/изолейцин	15,0 10,0	47,0 42,0	46,0 45,0	51,0 49,0	38,0 49,0
фенилаланин	15,0 24,5	27,5 37,5	51,2 50,0	75,0 95,0	95,0 80,5
Tирозин	- 20,0	- 25,6	- 68,8	- 92,8	- 53,5
Серин	- 15,0	- 36,7	- 47,6	- 86,6	- 73,3
Aспарагиновая кислота	- 20,0	- 36,7	- 60,0	- 66,6	- 33,3
Глутаминовая кислота	- 20,0	- 40,0	- 53,4	- 70,0	- 40,0
изин	- 10,0	- 35,3	- 40,0	- 58,9	- 54,4

*Данные по включению дейтерия в молекулы аминокислот приведены для B. methylicum при росте на средах, содержащих 2% CH3OH и 24,5; 49,0; 73,5; 98,0% 2Н2О

**Данные по включению 13С приведены для M. flagellatum при росте на среде, содержащей обычную воду и 1% 13СН3ОН.

#Термином КЖ обозначены культуральные жидкости, полученные после отделения клеток из ростовых сред

Аналогичная корреляция наблюдалась и в аминокислотах белковых гидролизатов. Уровни включения 2Н и 13С в метаболически связанных аминокислотах в пределах одинаковых концентраций меченых субстратов, обнаружили определённую коррелляцию: уровни изотопного включения для валина и лейцина (семейство пирувата), фенилаланина и тирозина (семейство ароматических аминокислот) коррелировали (табл. 2). Уровни изотопного включения для глицина и серина (семейство серина), аспарагиновой кислоты и лизина (семейство аспарагина) также имели близкие величины. Важным результатом являются высокие уровни включения стабильных изотопов 2Н и 13С в молекулы полученных аминокислот. В настоящее время исследования по изучению биотехнологического потенциала метилотрофных бактерий для направленного синтеза изотопномеченых аминокислот и других БАС продолжаются.

Генно-инженерные методы получения изотопномеченных аминокислот и белков.

Осуществлять направленное биосинтетическое получение индивидуальных белков, меченных стабильными изотопами удобно за счёт использования векторов экспрессии нужных генов, ответственных за биосинтез того или иного интересующего исследователей белка. Оправдано и целесообразно использование для этих целей векторов экспрессии на основе плазмидной ДНК бактерии E. coli, например, вектор экспрессии Т4 лизоцима, включающий в своем составе плазмиду pHSe5 [118]. В результате использования этого вектора экспрессии, были получены миллиграммовые количества Т4-лизоцима, селективно меченного стабильными изотопами азота 15N или углерода 13C. Включение стабильных изотопов в данном случае удалось осуществить за счет роста генного конструкта E. coli на средах, содержащих [15N]- или [13С]аминокислоты. Метод также может применяться для получения индивидуальных меченых белков, экспрессия которых происходит в системах, отличных от E. coli, например, системы экспрессии на основе клеток насекомых или млекопитающих [119].

Другие микробные системы, в которых белки экспрессируются с высокими выходами, также могут быть пригодны для получения изотопномеченых аналогов белков. К ним относятся, прежде всего такие хорошо изученные биологические объекты, как дрожжи, бактерии и бактериофаги. Так, за счёт использования вышеперечисленных микробных объектов в качестве векторов экспрессии были получены препаративные количества индивидуальных очищенных [15N]белков: нуклеаза стафилококка [120], интерлейкин 1β [121], белок репрессор фага P22C2 [122], тиредоксин E. coli [123], гемоглобин [124], α-протеаза [125], ингибитор субтилизина [126], репрессор фага λ [127], и белок человеческого фактора роста N-ras P21 [128].

В работе [129] описан метод получения индивидуальных [2H]белков с использованием вектора экспрессии на основе штамма облигатных метилотрофных бактерий Methylobacillus flagellatum. Метод состоит в том, что в метилотрофах клонируют структурный ген исследуемого белка. Таким методом можно получать, например, [2H]β-интерфероны, хорошо экспрессируемые в клетках метилотрофов, либо другие интересующие исследователей белки. Метод также позволяет вводить в молекулы аминокислот и белков другие стабильные изотопы, например, 13С. В связи с этим следует подчеркнуть, что основным недостатком при использовании полученных данным методом [13C]аминокислот в ЯМР-исследованиях являются всё же недостаточно высокие уровни изотопного обогащения аминокислот, что обусловливает усложнение спектров ЯМР за счет 12C- 13C-спин-спинового взаимодействия между близлежащими атомами углерода в молекуле [130]. Так как мультиквантовые резонансы близлежащих атомов углерода в молекуле являются основным препятствием для интерпретации спектров ЯМР, необходимо применять усовершенствованные методы получения [13C]аминокислот, позволяющие лимитировать процесс разбавления метки. Так, в последнее время были генетически сконструированы новые штаммы бактерий, которые несут мутации по генам метаболизма определенного круга предшественников этих аминокислот [131]. Это позволяет избежать разбавления метки при росте микроорганизма на среде, содержащей те или иные меченые субстраты за счет ингибирования биосинтеза аминокислот de novo у данных мутантных штаммов бактерий.

При выборе определенных мутаций по генам метаболизма стремятся удовлетворить как миниум двум условиям для нормального функционирования подобных генетически сконструированных систем, чтобы, во-первых, по возможности снизить деградацию метки или ее разбавление в процессе внутриклеточного синтеза немеченых предшественников de novo и во-вторых, свести к минимуму процессы перестройки меченых положений углеродного скелета молекулы за счет биосинтеза одинаковых интермедиантов, образующихся по сопряжённым путям биосинтеза. Данная стратегия реализована в работе [132], где сообщается о получении двух генетически сконструированных штаммов бактерий, обозначенных как E. coli DL10 и E. coli DL11, которые несли геномные делеции, исключающие обмен атомов углерода между интермедиаторами в процессе гликолиза и в цикле трикарбоновых кислот.

За счёт использования данных штаммов удалось получить препаративные количества [13C]аминокислот с уровнями изотопного обогащения до 95%. Схема, иллюстрирующая мутации в генах метаболизма в цикле гликолиза и трикарбоновых кислот, приведена на рис. 2. Оба сконструированных штамма бактерий E. coli имели в геноме мутации, затрагивающие гены семи ферментов основных путей метаболизма (рис. 2).

Ферменты (1-5) у штамма E. coli DL10 были инактивированы за счёт мутаций, вследствие чего он ассимилировал в качестве источников углерода и энергии сукцинат и ацетат из ростовой среды, а [1-13C]лактат добавляли в ростовую среду для компенсации метаболических потребностей клетки и для введения 13C-метки в молекулы аминокислот, синтезируемых в процессе гликолиза.

Pages:     | 1 | 2 | 3 | 4 | 5 |   ...   | 6 |    Книги по разным темам