СодержаниеЭндогенные ретровирусы
Список литературных источников
EN - эндонуклеаза, или эндонуклеазный домен; от англ. EndoNuclease ERV
LTR - длинный концевой повтор, от англ. Long Terminal Repeat ORF
SINE - название таксона неавтономных LTR- несодержащих ретроэлементов, от англ. Short Interspersed Nuclear Element TE
Часть I. Разнообразие мобильных элементов.
Глава 1.2. ДНК-транспозоны, или мобильные элементы класса II.
Собственно ДНК транспозоны
Глава 1.3. Общая характеристика ретроэлементов.
Глава 1.5. Не содержащие LTR ретроэлементы. Группа LINE.
Группа Jockey
Группа CRE
Группа NeSL-1
Группа R2 включает
Группа L1.
Группа Tad1
Группа LOA
Группа CR1
Группа Jockey
Jockey и TART
Группа RTE
Остановимся подробнее на описании основных групп SINE
Muridae, Cricetidae
Процессированные псевдогены.
Семейство Ty1/copia
Семейство Ty3/gypsy
Fugu rubtipes
S. cerevisiae
Семейство BEL.
Группа MaLR.
Эндогенные ретровирусы
Строение эндогенных ретровирусов.
Herv-k (hml2)
Происхождение эндогенных ретровирусов.
Классификация ретровирусов
Htlv-i, htlv-ii
Группа III
Herv-r (erv-3, erv-1)
Химерные семейства
Подсемейство HML-2
Подсемейство HERV-K(HML-4).
Подсемейство HML-6
Подсемейство HML-5
HuERS – Human Endogenous Retroviral Sequences, затем другие авторы дали ему название HuRRS-P
Химерные семейства ERV.
Семейство HERV-W.
Провирус HERV-E.PTN.
Ретровирусы и геном человека.
Глава 1.8. Некоторые аспекты происхождения и эволюции ретроэлементов.
Часть II. Техника вычитающей гибридизации: эффективный подход к решению задач молекулярной генетики.
Глава 2.3. Появление метода Репрезентативного Дифференциального Анализа (RDA).
Часть 3. Разработка метода TGDA и применение его для поиска специфичных для генома человека внедрений ретроэлементов.
Ю. Б. Лебедева
Принцип метода.
Herv-k (hml-2)
Структурный анализ известных чс LTR.
Tgtggggaaaagcaagagagatcagattgt tacttgttctgtgtagaaagaagtagacat aggagactccattttgttatgtactaagaa
Aaattcttctgccttgagattctgttaatc tataaccttacccccaaccccgtgctctct gaaacrtgtgctgtgtcaa-ctcag
Aatggattaagggcggtgcaagatgtgctt tgttaaacagatgcttgaaggcagcatgct ccttaagagtcatcaccactccctaatctc
Actgcggaa ggccgcagggacctctgcctaggaaagcca ggtattgtccaaggtttctccccatgtgat
Agtctgaaatatggcctcgtgggaagggaa agacctgaccrtcccccagcccgacacccg taaagggtctgtgctgaggaggattagtaa
Aagaggaaggaatgcctcttgcagttgaga caagaggaaggcatctgtctcctgcctgtc cctgggcaatggaatgtctcggtataaaac
Tccatctactgagatagg gaaaaaccgccttagggctggaggtgggac
Ttgagatgtttatgtgtatgcatatctaaa agcacagcacttaatcctttac
Attgtcttgt gaccctgacacatccccctct
Aactcagaggctggcgggatcctccatatg ctgaacgctggttccccgggtccccttatt tctttctctatactttgtctctgtgtcttt
Cccaccttac gagaaacacccacaggtgtg
Таблица 1. Частота встречаемости диагностических нуклеотидных позиций консенсуса семейства HS в чс и не-чс LTR HERV-K (HML-2) .
Анализ генного окружения LTR семейства HS.
Эволюционная история семейства HS.
Анализ чс LTR HERV-K (HML-2), картированных в интронах генов.
Таблица 3.3.2. Найденные в данной работе специфичные для генома человека внедрения провирусов HERV-K (HML-2) и их одиночных LTR.
Таблица 3.2.1. Краткая характеристика 24 специфичных для генома человека интеграций L1, найденных с помощью TGDA.
Другие химерные семейства ретротранскриптов
Таблица 3.5.1. Найденные в результате данной работы химерные ретроэлементы U6-L1.
Таблица 3.5.2. Данные поиска химерных ретроэлементов среди наиболее распространённых в геноме человека семейств псевдогенов.
Обсуждение возможностей метода TGDA и спектра его применимости.
4.3. Приготовление ДНК Трейсера и Драйвера
4.4. Вычитающая гибридизация.
4.5. Создание библиотек и дифференциальный скрининг фланков LTR.
4.6. Определение первичной структуры клонов.
4.7. Анализ последовательностей ДНК.
4.9. Гибридизация с зондами на последовательности U6 мяРНК и L1.
4.10. Образцы кДНК тканей человека
Последовательность (5'-3')
Deletion analysis defines distinct functional domains for protein- protein and nucleic acid interactions in the ORF1 protein of
Molecular characterization and placental expression of HERV-W, a new human endogenous retrovirus family.
Гетерохроматические районы хромосом
|
