Операции по корреспондентским счетам проводятся в пределах находящихся на них средств. Нормальным положением является наличие кредитового сальдо, которое образуется в результате превышения поступлений на счет над суммой платежей с него. При временной недостаточности поступлений для покрытия платежей банк должен найти возможность получения межбанковского кредита. Сумма этого кредита зачисляется на корреспондентский счет, что дает возможность бесперебойно продолжать платежи. Если банк своевременно не позаботится о получении кредита или не сможет его найти, на корреспондентском счете может образоваться дебетовое сальдо в результате превышения платежей над поступлениями. По существу, это означает, что расчетный центр прокредитовал банк на сумму дебетового сальдо. Такое кредитование носит вынужденный характер, поскольку при этом не заключается кредитного договора, в котором были бы предусмотрены условия кредитования. Поэтому расчетный центр прекращает дальнейшие платежи с корреспондентского счета, а все поступления направляет на погашение дебетового сальдо. Кроме того, за него взыскивается оплата в размере 0,1% за каждый день.

С корреспондентских субсчетов филиалов коммерческого банка платежи производятся независимо от остатка средств на них. Но банк должен постоянно следить за тем, чтобы в целом по его системе не возникало превышения платежей над поступлениями (дебетовое сальдо). О наличии средств на корреспондентских счетах филиалов банка обслуживающие их расчетные центры сообщают центру, где ведется счет банка. Это делается ежедневно после заключения операционного дня и составления бухгалтерского баланса. При образовании дебетового сальдо прекращаются операции по писанию средств с корреспондентского счета, как самого коммерческого банка, так и всех его филиалов. В отношении банка, допустившего дебетовое сальдо по корреспондентскому счету, усиливается контроль за соблюдением им установленных экономических нормативов и показателей ликвидности баланса.

Расчеты между филиалами одного банка производятся в порядке, установленном этим банком. Может быть использован специальный балансовый счет № 890, который так и называется: "Расчеты между учреждениями, подведомственными одному банку". Расчеты между клиентами, имеющими счета в одном учреждении банка, осуществляются этими учреждениями, минуя корреспондентские счета и счета внутрибанковских расчетов, путем списания и зачисления средств по счетам клиентов.