Направления расходования средств, поступающих во внебюджетные фонды, обусловливается назначением фондов. Помимо целевого использования средств этих фондов (при этом на конкретную цель указывает само название фонда: Пенсионный фонд РФ создан для финансирования расходов по государственному пенсионному обеспечению граждан, фонды обязательного медицинского страхования — для финансирования гарантированной государством медицинской помощи гражданам и т. д.) они могут направляться на содержание органов управления фондом, на инвестиционную деятельность и т.п.

Изучение государственных внебюджетных фондов невозможно без рассмотрения правовой базы их функционирования. Порядок формирования и использования внебюджетных фондов в России регулируется налоговым и бюджетным законодательством. Как уже упоминалось, одним из основных правовых актов, регламентирующих общие вопросы функционирования этих фондов является Бюджетный кодекс РФ, в котором определяются их правовой статус, место в бюджетной системе, порядок составления, представления, утверждения и исполнения бюджетов государственных внебюджетных фондов, а также основы контроля за их исполнением.

Любой внебюджетный фонд как фонд денежных средств имеет определенные количественные параметры, определяющие его объем доходов и расходов, которые отражаются в бюджетах соответствующего внебюджетного фонда. Бюджеты государственных внебюджетных фондов Российской Федерации рассматриваются и утверждаются в форме федеральных законов одновременно с принятием закона о федеральном бюджете на очередной финансовый год. В законе о бюджете фонда утверждаются общий объем доходов, их состав и структура, направления расходования средств. В настоящее время доходы и расходы внебюджетных фондов разрабатываются и отражаются в законах об их бюджете в соответствии с бюджетной классификацией Российской Федерации.

Для управления средствами государственных внебюджетных фондов созданы одноименные организации, являющиеся финансово-кредитными учреждениями, деятельность которых регулируется утвержденными положениями (или уставами), в которых определяются задачи и функции этих организаций по управлению средствами фондов. Для понимания этого вопроса необходимо знать, что под одним и тем же термином понимается и государственный внебюджетный фонд (как фонд денежных средств) и организация, на которую возложены функции управления его средствами.